3

私は細胞培養から移動する哺乳動物細胞の画像をタイムラプスしており、Matlabを使って細胞の追跡アルゴリズムを設計しようとしています。私は、処理時間が短くて実装が簡単で簡単なアルゴリズムを探しています。最も重要なのは、私は最小限の数学的理解を必要とするアルゴリズムを使用することを好むでしょう。これまでのところ、私はカルマンフィルタがモーショントラッキングに人気があることを発見しましたが、そのようなアプリケーションのさまざまなオプションについてもっと知りたいと思います。任意の動的情報、または画像から市販されているパラメータが制限されている:等面積、重心、簡単なオブジェクトトラッキングMatlabアルゴリズム

Here is an example of what a typical image might look like (but with less background noise than this particular image from the web

このためのビット不明であるので、私はまた、セグメンテーションとトラッキングとの間の正確な関係について知りたいです私。セグメンテーションはトラッキングのための必要な予備ステップですか?またはセグメンテーションステップなしで可能な追跡ですか?

誰かが実装するにはあまり複雑ではないトラッキングアルゴリズムを提案できるなら、私は非常に感謝します。どんな助けもありがとう..ありがとう!

+0

「カルマンフィルタには適していません。データをプラグインするだけの方程式ではありません。どのように動作するのか理解し、多くのパラメータを提供する必要があります。 –

+0

はい、カルマンフィルタについてもっと学んだら、それを実現しました。どのような種類のパラメータは、細胞追跡の観点から考えられるでしょうか?私は、3つのモデルパラメータ行列や位置、速度、制御入力(加速)の初期条件など、いくつかしか必要ではないと思います。私が間違っているかどうか教えてください、ありがとう。 – Senyokbalgul

答えて

1

伝統的に、セグメント化はトラッキングにとって重要な第一歩です。セグメンテーションのアイデアは、対象のオブジェクトを識別することです。このタスクは、通常、取得された画像にノイズが存在することによって挑戦されます。したがって、人々は通常、雑音をできるだけ多く除去するためにいくつかのノイズ低減フィルタ(例えば、ガウスぼかし)を適用し、したがって、セグメンテーションアルゴリズムの寿命をより容易にする。

セグメンテーションステップ後の結果イメージはバイナリイメージです。右下に、セグメント化された画像が表示されます。セグメンテーション後

left: original image, right: segmented image

、次の天然のステップは、それらの細胞を追跡することです。

  • の細胞の移動と方向:細胞のリニア、ランダムなど
  • 番号(別名アルゴリズムの複雑さ):1、右トラッカーを選択するために考慮しなければならないいくつかのパラメータがありますどのようにあなたのアルゴリズム規模がでません細胞数
  • 細胞分裂の認識:あなたのトラッカーは、有糸分裂後の娘細胞をうまく追跡できますか?
  • 閉会ギャップは次のように入力します。あなたのトラッカーハンドル細胞/

は、考慮すべき多くのより多くの事があるシーンを残すことができますが、最初のスタートとして、あなたは、単純な最近傍トラッカーをコーディングすることができます。このトラッカーは、時間フレームtの各セル、t + 1の最も近い隣のセルを見つける。これは明らかに非常に単純なトラッカーであり、大部分のケースでは機能しないかもしれませんが、構築の基礎を築くことができます。

また、セグメンテーションの完了後、Fiji/ImageJのセルトラッキングプラグインをチェックすることをお勧めします。

+0

返信いただきありがとうございます!これはすばらしい概要です。私はセグメンテーションフェーズにウォーターシェッドアルゴリズムを使用し、トラッキングフェーズにカルマンフィルタを使用することに決めました。セルのトラッキングにこの組み合わせをお勧めしますか? – Senyokbalgul

関連する問題