分子遺伝学における2つのグループの違い

Question

通常、2つのグループに3つの条件の変数があります。この2つのグループ間に統計的な違いはありますか？例えば短いCSVについて

：5グラム/ 5グラム、4G/5グラムおよび4G/4G：

genotype,group,gene 
5g/5g,1,PAI 
5g/5g,1,PAI 
4g/5g,1,PAI 
4g/5g,1,PAI 
4g/5g,1,PAI 
4g/5g,1,PAI 
5g/5g,1,PAI 
4g/4g,1,PAI 
4g/4g,1,PAI 
4g/4g,2,PAI 
4g/5g,2,PAI 
4g/4g,2,PAI 
4g/4g,2,PAI 
4g/4g,2,PAI 
4g/5g,2,PAI 
5g/5g,2,PAI 
4g/4g,2,PAI 
5g/5g,2,PAI 
5g/5g,2,PAI 
5g/5g,2,PAI 
4g/5g,2,PAI 

遺伝子PAIは、3つの遺伝子型を持っています。

表形式でこのデータ存在する場合： - 絵下記だから、

、どのように私は1つのp値like thereを見つけることができますか？

Answer 1

これはあなたが探しているものですか？

## simulating some data 
df <- data.frame(genotype=sample(c("5g/5g","4g/5g","4g/4g"),16,replace=T), group=c(rep(1,8), rep(2,8))) 

df 
## genotype group 
## 1  4g/5g  1 
## 2  4g/5g  1 
## 3  4g/5g  1 
## 4  5g/5g  1 
## 5  5g/5g  1 
## 6  4g/4g  1 
## 7  4g/4g  1 
## 8  4g/5g  1 
## 9  4g/4g  2 
## 10 4g/4g  2 
## 11 4g/4g  2 
## 12 4g/5g  2 
## 13 5g/5g  2 
## 14 5g/5g  2 
## 15 4g/5g  2 
## 16 4g/4g  2 

## first a table 
with(df, table(group, genotype)) 
##  genotype 
## group 4g/4g 4g/5g 5g/5g 
##  1  2  4  2 
##  2  4  2  2 

## and maybe a chi-squared test is what you want? 
with(df, chisq.test(table(group,genotype))) 
## Pearson's Chi-squared test 

## data: table(group, genotype) 
## X-squared = 1.3333, df = 2, p-value = 0.5134 

これは実際のデータではありませんが、同じことを行うことができます。