nested foreach
ループ内に最上位関数を含むR package
を構築しようとしています。このトップレベル関数は、さらにネストされた関数のセットを呼び出します。私が持っている問題はレキシカルスコープであり、低レベルの関数は変数や変数を置く環境を見つけることができません。私はこの例ではattachのようにattach
を使用しようとしましたが、より低い関数でも必要な引数を見ることができません。私は、フォークメソッドを使ってdoMPIに固有の何かがあることを知っています。これはdoMPI(0.2.2)とforeach(1.4.3)とopenmpiを使って、Ubuntu Linux(16.04)にあります。これは、私が持っているはるかに大きなモデルのmweです。パッケージと実行/テストするスクリプトはtoymod4 packageと呼ばれています。foreachループの内部で変数や環境が見つからない関数
#' Test function level 1
#' @param num.sim first variable for function 1
#' @param num.per second variable for function 1
#' @param num.day third variable for function 1
#' @param fun2.params parameters for function 2
#' @param fun31.params parameters for first call of function 3
#' @param fun32.params parameters for second call of funtion 3
#' @param fun4.params parameters for call to function 4
#' @export fun1
fun1 <- function (fun2.params, fun31.params, fun32.params, fun4.params,
num.sim=10, num.per=8, num.day=5, ...) {
final.results <- data.frame (foreach::`%dopar%`(
foreach::`%:%`(foreach::foreach(j = 1:num.sim,
.combine = cbind,
.packages= c("toymod4")),
foreach::foreach (i = 1:num.per,
.packages = c("toymod4"),
.combine=rbind)), {
e1 <- new.env()
e1 <- list2env(c(fun2.params, fun31.params, fun32.params,
fun4.params), e1)
out3 <- replicate(num.day, fun2(e1, var21, var22, fun22on))
out2 <- data.frame(mean(out3))
}
)
)
## save outputs for subsequent analyses if required
saveRDS(final.results, file = paste(num.day ,"_", num.per, "_", num.sim, "_",
format(Sys.time(), "%d_%m_%Y"),
".rds", sep=""))
return(final.results)
}
#' Test function level 2
#' @param var21 first variable for function 2
#' @param var22 second variable for function 2
#' @param fun22on turn this copy of fun3 on or off
#' @param env environment to get variables from
#' @export fun2
fun2 <- function (env, var21, var22, fun22on, ...) {
attach(env)
out21 <- ifelse (rpois(1, var21) > 0, var22 * fun3(e1, fun3on, var31), 0)
out22 <- ifelse (fun22on, fun3(e1, fun3on, var31), 0)
out2 <- out21 + out22
detach(env)
out2
}
#' Test function level 3
#' @param var31 first variable for function 3
#' @param fun3on turn the formula on or off
#' @export fun3
fun3 <- function (env, fun3on, var31, ...) {
attach(env)
out31 <- ifelse (fun3on, var31, 1)
out32 <- ifelse (fun3on, fun4(e1, fun4on, var41), 0)
out3 <- out31 + out32
detach(env)
out3
}
#' Test function level 4
#' @param var41 first variable for function 4
#' @param fun4on turn the formula on or off
#' @export fun4
fun4 <- function (env, fun4on, var41, ...) {
attach(env)
out4 <- ifelse (fun4on, var41, 1)
detach(env)
out4
}
あなたは何を試しましたか?どの議論に?私がすでに似たような質問に答えていると思います。 –
彼らは似ているが同じではないので、私はそれが答えられたとは思わない。私はまだすべての引数をすべての関数に渡すことを避けようとしています。実際のモデルでは、80個の引数を最初の関数に渡し、75個を2番目の関数に渡すことを意味します。私が環境を制限する方法を見つけ出すことができれば、その中で働いています。そして、doMPIはdoParallelと同義ではありません。コールは複雑で、このコメントに追加するツールは大きいですが、githubのドライバファイルにあります。ごめんなさい。 –