2017-03-07 14 views
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私はまだRを使い始めていない(数ヶ月しかない)、私の研究(生物学)のベイジアンネットワーク(BN)を構築しようとしています。私はすでに離散変数でこれをすべて行ってきましたが、私は今も継続的に統合しようとしています。今は、bnlearnパッケージを使用して、ハイブリッドネットワークを構築するためにMoTBFsパッケージで使用するBNを構築しています。 、それは正しい円弧を作成していないがbuild.whitelistのエラー:ホワイトリストに未知のノードラベルがあります

bn.bayes.Leye<-mmhc(trainingmotbf2[,c(2:6,8,18,26)]) 

:私は私だけ上記のデータからいくつかのSNPをターゲットにしていますと、以下の動作するように、この文字列を得ている

head(training) 
Sample rs12913832 rs16891982 rs12203592 rs1800407 rs3829241 rs1805007 rs1408799 rs683 rs3737576 
1 1078   CT   GG   GG  CT  GG  CC  GG  TT  TT 
2 1254   TT   CC   GG  CC  GG  CC  AG  GG  TT 
3 1285   CT   GG   GG  CC  GG  CC  GG  TT  TT 
4 1308   CT   GG   GG  CC  AG  CT  AG  GT  TT 
5 1382   CC   GG   GG  CC  AA  CT  AG  GT  TT 

:ここに私のデータであり、ので、私はこの(Lは、上記サブセットの列に示されていない)のように見えた、ホワイトリストを作成しようとしている:私は、このホワイトリストを追加しようとすると

from   to 
1 L rs12913832 
2 L rs1800407 
3 L rs16891982 
4 L rs1408799 
5 L rs3829241 
6 L rs12203952 
7 L rs12896399 

、BN関数にwhiteと呼ばれます:

bn.bayes.Leye<-mmhc(trainingmotbf2[,c(2:6,8,18,26)],whitelist=white) 
Error in build.whitelist(whitelist, nodes = names(x), data = x, algo =  method, : 
    unknown node label present in the whitelist. 

ここで、エラーは謎ではなく、ホワイトリストのすべての名前がデータフレームにあります。ホワイトリストに正常に作成されたbnに表示されます。私は因子や文字としてデータを試してみましたが、それは特定の形式でなければならないが、同じエラーです。私は何が欠けていますか?

継続的な親ノードと離散的な子ノードを持つBNを構築するための経験や推奨パッケージはありますか?たぶん、MoTBFsパッケージは私が使用するべきものではないかもしれません。

答えて

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私がホワイトリストをどのように作成したかを再コーディングすることで、誰もが興味をそそられるようになりました。たぶん私はLを個別に使ったのではなく、それぞれ単独で問題になっていたかもしれません。

arcs<-data.frame(from="L",to=c("rs12913832","rs16891982","rs12203592","rs1800407","rs12896399","rs3829241","rs1408799")) 
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