私はまだRを使い始めていない(数ヶ月しかない)、私の研究(生物学)のベイジアンネットワーク(BN)を構築しようとしています。私はすでに離散変数でこれをすべて行ってきましたが、私は今も継続的に統合しようとしています。今は、bnlearn
パッケージを使用して、ハイブリッドネットワークを構築するためにMoTBFs
パッケージで使用するBNを構築しています。 、それは正しい円弧を作成していないがbuild.whitelistのエラー:ホワイトリストに未知のノードラベルがあります
bn.bayes.Leye<-mmhc(trainingmotbf2[,c(2:6,8,18,26)])
:私は私だけ上記のデータからいくつかのSNPをターゲットにしていますと、以下の動作するように、この文字列を得ている
head(training)
Sample rs12913832 rs16891982 rs12203592 rs1800407 rs3829241 rs1805007 rs1408799 rs683 rs3737576
1 1078 CT GG GG CT GG CC GG TT TT
2 1254 TT CC GG CC GG CC AG GG TT
3 1285 CT GG GG CC GG CC GG TT TT
4 1308 CT GG GG CC AG CT AG GT TT
5 1382 CC GG GG CC AA CT AG GT TT
:ここに私のデータであり、ので、私はこの(Lは、上記サブセットの列に示されていない)のように見えた、ホワイトリストを作成しようとしている:私は、このホワイトリストを追加しようとすると
from to
1 L rs12913832
2 L rs1800407
3 L rs16891982
4 L rs1408799
5 L rs3829241
6 L rs12203952
7 L rs12896399
、BN関数にwhite
と呼ばれます:
bn.bayes.Leye<-mmhc(trainingmotbf2[,c(2:6,8,18,26)],whitelist=white)
Error in build.whitelist(whitelist, nodes = names(x), data = x, algo = method, :
unknown node label present in the whitelist.
ここで、エラーは謎ではなく、ホワイトリストのすべての名前がデータフレームにあります。ホワイトリストに正常に作成されたbnに表示されます。私は因子や文字としてデータを試してみましたが、それは特定の形式でなければならないが、同じエラーです。私は何が欠けていますか?
継続的な親ノードと離散的な子ノードを持つBNを構築するための経験や推奨パッケージはありますか?たぶん、MoTBFs
パッケージは私が使用するべきものではないかもしれません。