複数の与えられた値を持つPythonでマスクされた配列を作成する

Question

私は同じサイズの時間列に対して（numpy.genfromtxtを通して）大きなデータ配列のいくつかの列をグラフ化しています。欠けているデータはしばしばnan、-999、-9999などと呼ばれますが、配列から複数の値を取り除く方法はわかりません。これは私が現在持っているものです：

for cur_col in range(start_col, total_col): 
    # Generate what is to be graphed by removing nan values 
    data_mask = (file_data[:, cur_col] != nan_values) 
    y_data = file_data[:, cur_col][data_mask] 
    x_data = file_data[:, time_col][data_mask] 

その後、私はmatplotlibを使って各列に適切な図を作成します。これは、nan_valuesが単一の整数であればうまく動作しますが、リストを使用しようとしています。

EDIT：これは実際の例です。

import numpy as np 

file_data = np.arange(12.0).reshape((4,3)) 
file_data[1,1] = np.nan 
file_data[2,2] = -999 
nan_values = -999 

for cur_col in range(1,3): 
    # Generate what is to be graphed by removing nan values 
    data_mask = (file_data[:, cur_col] != nan_values) 
    y_data = file_data[:, cur_col][data_mask] 
    x_data = file_data[:, 0][data_mask] 
    print 'y: ' + str(y_data) 
    print 'x: ' + str(x_data) 
print file_data 

>>> y: [ 1. nan 7. 10.] 
    x: [ 0. 3. 6. 9.] 
    y: [ 2. 5. 11.] 
    x: [ 0. 3. 9.] 
    [[ 0. 1. 2.] 
    [ 3. nan 5.] 
    [ 6. 7. -999.] 
    [ 9. 10. 11.]] 

nan_valuesの=私は達成するために探しています何である[「ナン」、-999]場合、これは動作しません。

Answer 1

私はそうのようなmasked arraysを使用することをお勧めします：

>>> a = np.arange(12.0).reshape((4,3)) 
>>> a[1,1] = np.nan 
>>> a[2,2] = -999 
>>> a 
array([[ 0., 1., 2.], 
     [ 3., nan, 5.], 
     [ 6., 7., -999.], 
     [ 9., 10., 11.]]) 
>>> m = np.ma.array(a,mask=(~np.isfinite(a) | (a == -999))) 
>>> m 
masked_array(data = 
[[0.0 1.0 2.0] 
[3.0 -- 5.0] 
[6.0 7.0 --] 
[9.0 10.0 11.0]], 
      mask = 
[[False False False] 
[False True False] 
[False False True] 
[False False False]], 
     fill_value = 1e+20) 

Answer 2

私は（擬似コード）のような何かをしようとするだろう：

nan_values = [...] 

for cur_col in range(start_col, total_col): 
    # Generate what is to be graphed by removing nan values 
    y_data = [file_data[i,cur_col] for i in range(len(file_data)) if not(file_data[i,cur_col] in nan_values)] 
    x_data = [file_data[i,time_col] for i in range(len(file_data)) if not(file_data[i,cur_col] in nan_values)]