クラスタリング - 最大のn個のクラスタをプロットする

Question

私はHOPACHクラスタリングを使用しています - 最大でn個のクラスタ（例：3番目のプロットのみ）を視覚化する方法はありますか？現在のコードはすべてのクラスタを可視化します。

library(cluster) 
library(hopach) 

distance =distancematrix(DNA[1:30],"cosangle") 
hobpach.DNA =hopach(DNA[1:30],dmat=distance) 

labels = c(hobpach.DNA$clustering$labels) 

table(labels, DNA$class) 

#Plots all clusters 

clusplot(DNA[1:30], hobpach.DNA$clustering$labels, main='Cluster Vis', 
    color=TRUE, shade=TRUE, 
    labels=2, lines=0) 

Answer 1

clusplotに直接このようなものはありません。しかし、あなたはどのクラスタが最大であるか簡単に知ることができ、clusplot機能にのみこれらを与えることができます。

# find the indicees of the largest clusters 
biggest_indicees <- labels %in% names(sort(table(labels), decreasing = TRUE)[1:3]) 

# plot three largest clusters 
clusplot(df[biggest_indicees, ], labels[biggest_indicees], main = 'Cluster Vis', 
     color = TRUE, shade = TRUE, labels = 2, lines = 0)