2016-05-12 14 views
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私はいくつかの大きな行列でscipy.sparse.linalg.eigsを使用してきましたが、驚くことではありません。だから、私はそれをスピードアップする方法を探していました。私の理解では、scipyコードはARPACKを使用し、MPIを使用するARPACKの並列バージョンがあります。あまりにも多くの苦痛なしにARPACKの並列バージョンを使用することは可能ですか?もしそうなら、どうですか?scipyで並列ARPACKを使用できますか?

(私はそれが最も痛みを伴う選択肢かもしれので、関数eigsのMATLABの同等は、マルチスレッドているように見えるんので注意してください。)ARPACKの(MPI-)並列バージョンは完全に異なっているように思わ

答えて

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プロジェクトはPARPACKと呼ば:

「ARPACKライ​​ブラリの並列バージョンは現在フィットネスエクササイズで現在サポートされている メッセージパッシング層はBLACSとMPIある 並列ARPACK(PARPACK)は現在 ARPACKの拡張機能として提供されます。ライブラリ(リリース2.1)」を参照してください。

PETsc4pyを見ましたか? それともでも

「スピードは、あなたの関心事である、あなたはNVIDIA GPU を持っている場合、CUSPやPythonから cuSPARSEのような並列スパース線形代数ライブラリを呼び出す探ります。」

this answerを参照してください)
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