foreachを含むRパッケージはdoParallelで動作しますがdoMPIでは動作しません。オブジェクトが見つかりません

Question

foreach文とdoMPIバックエンド内に複数のネストされた関数を含むRパッケージを作成しようとしています。 "XXX"オブジェクトエラーを見つけることができません。奇妙なことは、doParallelをバックエンドとして使用するとこのエラーは発生しないということです。大きな問題。

このRStudioを使用してR-パッケージにコンパイルされたコードであり、roxygen、デベロッパーツールなど

#' Test function level 1 
#' @param var11 first variable for function 1 
#' @param var12 second variable for function 1 
#' @param var13 third variable for function 1 
#' @export fun1 

fun1 <- function (fun2.params, fun3.params, var11, var12, var13, ...) { 

    results <- data.frame (foreach::`%dopar%`(
       foreach::`%:%`(foreach::foreach(j = 1:var11, .combine = cbind), 
       foreach::foreach (i = 1:var12, .combine=rbind)), 
       { 
        out3 <- replicate(var13, 
            do.call(fun2, 
              c(list(fun3.params=fun3.params), 
               fun2.params))) 
        output2 <- data.frame(mean(out3)) 
     } 
    ) 
) 
    ## save outputs for subsequent analyses if required 
saveRDS(results, file = paste("./outputs/", var13 ,"_", var12, "_", var11, "_", 
           format(Sys.time(), "%d_%m_%Y"), ".rds", sep="")) 
} 

#' Test function level 2 
#' @param var21 first variable for function 2 
#' @param var22 second variable for function 2 
#' @export fun2 

fun2 <- function (fun3.params, var21, var22, ...) { 
    out2 <- `if` (rpois(1, var21) > 0, var22 * do.call(fun3, fun3.params), 0) 
} 

#' Test function level 3 
#' @param var31 first variable for function 3 
#' @param var32 second variable for function 3 
#' @param var33 third variable for function 3 
#' @export fun3 

fun3 <- function (var31, var32, var33, ...) { 
    out3 <- var31 * rnorm(1, mean=var32, sd= var33) 
} 

私は、ライブラリをロードして.Rからトップレベルの関数を呼び出しますemacs ESS（またはRStudioエディタ）とこれらのコマンドを使用してファイルを作成します。

library(toymod) 
library(doParallel) 
cl <-makeCluster(10) 
registerDoParallel(cl) 

fun1.params <- list(var11=10, var12=150, var13=365) 
fun2.params <- list(var21=0.05,var22=9.876) 
fun3.params <- list(var31=1.396,var32=14.387,var33=3.219) 

do.call(fun1, c(list(fun2.params = fun2.params, 
        fun3.params = fun3.params), 
       fun1.params)) 

私は、これはR 3.4.1を使用して、Ubuntuの16.04 Linux上で実行されている私はdoMPIを使用して、それを実行するときしかし、私は次のエラーを取得する、それが正常に動作パラレルバックエンドとしてdoMPIを

Error in { : task 12 failed - "object 'fun2' not found" 

をdoParallelを使用してそれを実行します0.2.2、およびdoParallel。私はgithubに全体のパッケージを入れましたhttps://github.com/jamaas/toymod.git

doMPIのコードを変更する必要があるかどうか誰かに教えてください。それはRパッケージを作ることに関連しているようです。

Answer 1

私は、foreach .packages='toymod'オプションを使用する必要があると考えています。これは、foreachループの本体が実際に 'toymod'パッケージの一部ではないため、他のRパッケージから関数にアクセスする場合と同様に 'toymod'をロードする必要があるためです。

doParallelを使用する場合、なぜこれが必要でないのかわかりません。私はdoParallelがforeachループがあるパッケージを自動的にロードする必要があると思います。私はこれをさらに調べ、doMPIを変更して同じことを行うでしょう。