ggplot2 stat_summary mean_sdl mean +/- sdと同じではありません

Question

ggplot2のmean_sdl関数（Hmiscから）で生成されたエラーバーが、手動で生成されたエラーバーとmean + sdをプロットするよりもはるかに広い理由がわかりません。平均 - sd。私のコード：

library(drc) 
library(tidyverse) 

test_dataset <- 
    structure(
    list(
     X = c(1e-10, 1e-08, 3e-08, 1e-07, 3e-07, 1e-06, 3e-06, 1e-05, 3e-05, 1e-04, 3e-04), 
     AY1 = c(0, 11, 125, 190, 258, 322, 354, 348, NA, 412, NA), 
     AY2 = c(3, 33, 141, 218, 289, 353, 359, 298, NA, 378, NA), 
     AY3 = c(2, 25, 160, 196, 345, 328, 369, 372, NA, 399, NA), 
     BY1 = c(3, NA, 11, 52, 80, 171, 289, 272, 359, 352, 389), 
     BY2 = c(5, NA, 25, 55, 77, 195, 230, 333, 306, 320, 338), 
     BY3 = c(4, NA, 28, 61, 44, 246, 243, 310, 297, 365, NA) 
    ), 
    class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"), 
    row.names = c(NA,-11L), 
    .Names = c("X", "AY1", "AY2", "AY3", "BY1", "BY2", "BY3") 
) 

test_dataset2 <- test_dataset %>% 
    rename(conc = X) %>% 
    gather(-conc, key = "measurement", value = "signal") %>% 
    separate(col = measurement, into = c("mAb", "rep"), sep = "Y") 

plot_with_mean_sdl <- ggplot(test_dataset2, aes(x = conc, y = signal, col = mAb)) + 
    scale_x_log10() + 
    stat_summary(fun.data = mean_se, 
       geom = "point", 
       size = 2 
       ) + 
    # geom_errorbar(data = (test_dataset2 %>% group_by(mAb, conc) %>% 
    # summarise(AVG = mean(signal), SD = sd(signal)) %>% 
    # dplyr::filter(AVG != "NA") %>% 
    # mutate(top = AVG + SD, bottom = AVG - SD)), aes(x = conc, y = AVG, ymin = bottom, ymax = top)) + 
    stat_summary(fun.data = mean_sdl, geom = "errorbar") + 
    stat_smooth(method = "drm", 
       method.args=list(fct = L.4()), 
       se = F, 
       n = 300 
      ) 

plot_with_manual_errorbars <- ggplot(test_dataset2, aes(x = conc, y = signal, col = mAb)) + 
    scale_x_log10() + 
    stat_summary(fun.data = mean_se, 
       geom = "point", 
       size = 2 
       ) + 
    geom_errorbar(data = (test_dataset2 %>% group_by(mAb, conc) %>% 
    summarise(AVG = mean(signal), SD = sd(signal)) %>% 
    dplyr::filter(AVG != "NA") %>% 
    mutate(top = AVG + SD, bottom = AVG - SD)), aes(x = conc, y = AVG, ymin = bottom, ymax = top)) + 
    # stat_summary(fun.data = mean_sdl, geom = "errorbar") + 
    stat_smooth(method = "drm", 
       method.args=list(fct = L.4()), 
       se = F, 
       n = 300 
      ) 

は私がHmiscパッケージからsmean_sdl機能を考えたが、平均値から平均値+/-標準偏差の定数をプロットすることになりました。何が私にはうまくいかないのですか？

ありがとうございました。 ?smean.sdから

Answer 1

（また?hmiscに連結された）：

smean.sdlは、平均プラス又はマイナスの定数倍 標準偏差を計算します。

そして：

smean.sdl(x, mult=2, na.rm=TRUE)

ので、デフォルトでは2つの標準偏差であるように思われます。

の例に示すように、fun.args = list(mult = 1)を使用してください。