scipyスパース行列をpetsc4pyの入力として

Question

scipyスパース行列を効率的に読み込む方法を見つけることができません。例えば、petsc4pyマトリックスに変換することができる。 PETSc.Mat().createAIJ。私はthis threadを見つけましたが、私はそれを適用することができません。

私はまた、このようなことが実際に文書化されているポインタを感謝します。 demoディレクトリの例では、一部しか説明していないため、ドキュメントストリングは表示されません。

Answer 1

あなたのリンクはPETScにスパース行列を作成するために、あなたはこのようなコマンドを使用する必要があることを述べている：

PETSc.Mat().createAIJ(size=(nrows,ncols), csr=(ai,aj,aa)) 

thisによると、ai、ajとaaはPETSc-話すには、以下のとおりです。

> i - row indices 
> j - column indices 
> a - matrix values 

これらはそれぞれ、scypy.sparse.csr_matrixの.indptr、.indicesと.data属性に、を参照してください、等価です詳細については、を参照してください。あなたのリンクが正しい場合

ので、次のように動作するはずです：

>>> from petsc4py import PETSc 
>>> import scipy.sparse 
>>> csr_mat = scipy.sparse.rand(1000, 1000, density=0.001, format='csr') 
>>> petsc_mat = PETSc.Mat().createAIJ(size=csr_mat.shape, 
...         csr=(csr_mat.indptr, csr_mat.indices, 
...          csr_mat.data)) 

残念ながら、私はそれを自分自身をテストすることはできません。