GEOでの調査のために、データテーブルのヘッダーの説明、具体的には調査中のすべてのサンプルの「VALUE」列を取得したいと思います。GEOqueryを使用したGEOからのデータテーブルヘッダーの取得
go hereの場合は、スクロールしてサンプルの1つをクリックします。「GSM2644971」を選択します。次にスクロールダウンすると、「データテーブルヘッダーの説明」が表示され、「VALUE正規化(標準化方法を指定した場合)平均ベータ」と表示されます。その情報は私が望むものです。
私はBiobaseパッケージからassayData()
を使用してみましたが、私はこの方法は、サンプル、サンプルのマトリックス、またはパラメータとして何かを取るかどうか知りませんでした。どうやらそれはS4を取ってランダムなテキストを返しますが、そのランダムなテキストの使い方はわかりません。
EDIT:たとえば
、私がない場合:
library(Biobase)
library(GEOquery)
getgeo<-getGEO("GSE99511")
assayData(getgeo$GSE99511_series_matrix.txt.gz)
私はassayData()
を使用し、私はそれを返すようにしたいと思う:
「正規化(正規化方式)平均ベータ "
その代わりに返します。
<environment: 0x110674178>
を私が使用する必要があり、別の方法があるかどう質問は意味を持たない場合、または私に知らせてください。