大きなfastaファイルを複数のファイルに分割するためのbiopythonスクリプト

Question

私は遺伝子IDに従って複数のファイルに分割したいと思う大きなfastaファイルを作成しています。私はbiopythonチュートリアルから上記のスクリプトを使用しようとしています：それはそれらに93のシーケンスでファイルを分割ん

def batch_iterator(iterator, batch_size): 
    """Returns lists of length batch_size. 

    This can be used on any iterator, for example to batch up 
    SeqRecord objects from Bio.SeqIO.parse(...), or to batch 
    Alignment objects from Bio.AlignIO.parse(...), or simply 
    lines from a file handle. 

    This is a generator function, and it returns lists of the 
    entries from the supplied iterator. Each list will have 
    batch_size entries, although the final list may be shorter. 
    """ 
    entry = True # Make sure we loop once 
    while entry: 
     batch = [] 
     while len(batch) < batch_size: 
      try: 
       entry = iterator.next() 
      except StopIteration: 
       entry = None 
      if entry is None: 
       # End of file 
       break 
      batch.append(entry) 
     if batch: 
      yield batch 

record_iter=SeqIO.parse(open('/path/sorted_sequences.fa'), 'fasta') 
for i, batch in enumerate (batch_iterator(record_iter, 93)): 
    filename='gene_%i.fasta' % (i + 1) 
    with open('/path/files/' + filename, 'w') as ouput_handle: 
     count=SeqIO.write(batch, ouput_handle, 'fasta') 
    print ('Wrote %i records to %s' % (count, filename)) 

が、それは私がエラーを見ることができない93のグループごとに2つのファイルを提供しますが、私はものがあると思います。 大きなファストファイルを別の方法で分割する別の方法がありますか？ おかげで

Answer 1

例では、コードを読んだ後、イテレータはファイルあたり93列遺伝子IDごとにファイルを分けるちょうどbatch_sizeのグループにおける配列のdivitionを作るので、あなたの場合にはしていないようです。

Answer 2

将来このスクリプトに興味がある人がいる場合。スクリプトは、それが完璧に動作します。問題は、私が分割しようとしていたファイルが、それより多くのシーケンスを持っていたということでした。だから私は、悪いファイルを削除し、上記のスクリプトとうまく分割された新しいものを生成します。