機能のヒートマップからサブクラスターを取得する方法R

aheatmap in the NMF packageを使用して、アレイとRNA-seqデータのヒートマップを作成しています。機能のヒートマップからサブクラスターを取得する方法R

私はcutreeによって型hclustまたはinterprebleであるaheatmapオブジェクトの属性を見つけることができないようthis user was trying to use cutree to extract from hclust objects

のと同じ方法でデータのサブクラスタを抽出しようとしています。アドバイスをいただければ幸いです。

私はBioStarにもこれを掲載しました。なぜならそれは全くのRの質問ではなく、それは完全にバイオインフォマティクスの質問ではないからです。

私が試したいくつかのこと：あなたが設けられた第二のリンクの例に基づいて

library(NMF) 
#create some data 
d <- matrix(rnorm(120),12,10) 
# cluster it 
heatmp.obj = aheatmap(d) 
# define some clusters 
mycl <- cutree(heatmp.obj$Rowv, k=2) #this produces an error 
mycl <- cutree(heatmp.obj$Colv, k=2) #this produces an error

出典

2016-08-18 Atticus29

を：

d <- matrix(rnorm(120),12,10) 
hr <- hclust(dist(d, method="euclidean"), method="complete") 
mycl <- cutree(hr, k=2) 
heatmp.obj <- aheatmap(d,Rowv=as.dendrogram(hr))

んご希望の答えにあなたが近づきますか？

EDIT aheatmap と画像：hclustと

イメージ：

出典

2016-08-18 21:51:41 desc

ありがとう、@desc！私は、aheatmapのデフォルトのクラスタリングアルゴリズムに依存する方法で、hclustで指定してからそれをaheatmapで使用するのではなく、その方法を使用したいと思います。それは理にかなっていますか？つまり、 'heatmp.obj = aheatmap（d、Rowv = as.dendrogram（hr））'を実行しても、 'heatmp.obj = aheatmap（d）'と同じ表示項目は得られません。 – Atticus29

' hclust（） '？ – Atticus29

@ Atticus29、 'aheatmap'のデフォルトに基づいてhclustを更新しました。結果として得られるクラスタは同じように見えますが、クレードルはブランチの周りを回転するかもしれません。 – desc

リストを返すaheatmap、の2つの要素はタイプ '樹状図' です。 'dendrogram'は、as.hclust()を使用して 'hclust'と入力することができます。たとえば、

a = cutree(as.hclust(heatmp.obj$Rowv), k=3)

出典

2016-08-19 02:16:32 Atticus29

機能のヒートマップからサブクラスターを取得する方法R

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