データフレームの列を行列Aijに変換する

Question

私は問題に苦しんでいます。

私はデータセット怒鳴るを持っていると私は同じようAtom_combine列から行列を作成しよう：

____|N16|CA16|C16| ... |C18|O18|N19 
N16 
CA16 
C16 
... 
C18 
O18 
N19_______________________________ 

は私が開始する必要があります例や方向を喜ば得ることができますか？

各交点は最終的に各原子間の距離になります（距離= sqrt（（x1-x2）^ 2 +（y1-y2）^ 2 +（z1-z2）^ 2））。

私は（あなたが距離行列を見つけるためにcdistを使用することができますね...

Answer 1

を距離のためのコンセプトの計算証明を完了するために管理が、行列を作成する方法を見つけることができませんアレイ）。

from scipy.spatial.distance import cdist 
import numpy as np 

X = np.array([[0, 1, 0], [1, 0, 1], [2, 1, 2]]) 
D = cdist(X, X, metric='euclidean') # your distance matrix 

だからたとえば、配列XはdfがあなたのデータフレームですX = np.array(df[['x_coord', 'y_coord', 'z_coord']])です。あなたにもデータフレームの列としてデータフレームとrownamesから列としてCOLNAMESを有するマトリックスの作成...問題はない

Df = pd.DataFrame(D, index=list(df['Atom_combine']), columns=list(df['Atom_combine']))