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vcf.gzファイルは、大きなファイルで、ラップトップにはスペースがないため、最初に解凍したくありません。私がやってみました：vcf.gzファイルをvcf.bgzファイルに直接変換する方法はありますか？
gunzip -c file.vcf.gz > bgzip -c > file.vcf.bgz
をしかし、それは動作しませんでした。思考？
A
答えて
3
は
を試しgunzip -c file.vcf.gz | bgzip > file.vcf.bgz
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あなただけ「それは動作しませんでした」よりも多くの詳細を提供する必要があります。エラーメッセージはありましたか？出力はありますか？つまり、ピエールの答えに同意します。ここでは、ファイルにリダイレクトするgunzipの出力に '>'を使います（誤って 'bgzip'というファイルを作成していないことを確認してください）。代わりに、これをプログラムの 'bgzip'の"標準入力 "にリダイレクトし、パイプ（' | '）がこれに対する正しいツールです。 – bli