VMDのデフォルトの表現/描画方法

Question

VMDでは、描画メソッドCPKを使用してすべての新しいファイルをロードします。これはいくつかの技術的な理由から、.vmdrcファイルのオプションではないようです。

私はスクリプトを作成できるように、VMDのコマンドラインからどうすればいいですか？ または、この他の解決策/回避策/ハックがありますか？

Answer 1

あなたが望むものを達成するために、いくつかの方法があります。

（1）あなたの.vmdrcの正しい場所に以下の行を入れ

mol default style CPK 

（2）最後の（VMD設定パネルを使用しますが、メインウィンドウの拡張機能メニューの項目）を使用して、期待どおりの.vmdrcファイルを生成します。あなたが探している設定はRepresentationsタブにあります。

（3）（VMDが起動.vmdrcファイルを読み込むときに、すでにロードされた分子に適用される、すなわちデフォルト設定）、より高度な設定のために、あなたが使用することができ、以下の（VMD 1.9.2に私の作品）：

proc reset_viz {molid} { 
    # operate only on existing molecules 
    if {[lsearch [molinfo list] $molid] >= 0} { 
    # delete all representations 
    set numrep [molinfo $molid get numreps] 
    for {set i 0} {$i < $numrep} {incr i} { 
     mol delrep $i $molid 
    } 
    # add new representations 
    mol representation CPK 
    # add other representation stuff you want here 
    mol addrep $molid 
    } 
} 

proc reset_viz_proxy {args} { 
    foreach {fname molid rw} $args {} 
    eval "after idle {reset_viz $molid}" 
} 

## put a trace on vmd_initialize_structure 
trace variable vmd_initialize_structure w reset_viz_proxy 

after idle { 
    if { 1 } { 
    foreach molid [molinfo list] { 
     reset_viz $molid 
    } 
    } 
} 

このコードはこのAxel Kohlmeyer websiteに適合しています。

HTH、

Answer 2

便利な解決策が見つかりました。 .bashrc追加で ：

vmda file.pdb 

を持つ構造で

vmda() { 
    echo -e " 
    mol default style CPK 
    user add key Control-w quit 
    " > /tmp/vmdstartup 
    echo "mol new $1" > /tmp/vmdcommand 
    vmd -e /tmp/vmdcommand -startup /tmp/vmdstartup 
} 

ルックや他のウィンドウと同様に、Ctrl+wで（アプリケーションを終了）ウィンドウを閉じます。