単調/反復調整されたp値を与えるBH補正手順

Question

私は、遺伝子発現データに対して基本的なR解析を行っていました。分析は、副腎の遺伝子発現に性差があるかどうかを調べることを目的としています。

データを男性および女性として分離し、その後のt検定を行った。最後に、私はp値のセットを得て、それに対してBH補正手順が実行されました。しかし、私が得た調整されたp値は単調で、同じ値が最初から最後まで繰り返されます。そして、私は10％の重要度で拒絶反応を見つけることができません。何が間違っている可能性がありますか？ここ

は、遺伝子発現データに対するt検定のために行わRコードである：

first.row <- t.test(son.a[1,males],son.a[1,-males]) 

# Result from t-test : 
# Welch Two Sample t-test 
# data: son.a[1, males] and son.a[1, -males] 
# t = 0.8923, df = 9.594, p-value = 0.3941 
# alternative hypothesis: true difference in means is 
#  not equal to 0 
#  95 percent confidence interval: 
#  -0.1188546 0.2761207 
#  sample estimates: 
#  mean of x mean of y 
#  0.527884 0.449251 

「son.a」は、42421個の遺伝子の遺伝子発現値からなるデータフレームです。サンプルは、男性および女性の両方の副腎から採取される（合計9サンプル）。

# Assigning a function 't.test.pvalue' 
t.test.pvalue <- function(dat) { 
    results <- t.test(dat[males],dat[-males]) 
    return(results$p.value) 
    } 

t.test.pvalue(son.a[1,]) 
# [1] 0.3940679 





# Applying t.test.pvalue to all 42421 rows 
all.rows <- apply(son.a,1,t.test.pvalue) 

head(all.rows) 
# [1] 0.3940679 0.5616102 0.6953087 0.3064443 0.8942156 0.8191188 

tail(all.rows) 
# [1] 0.8631147 0.3911861 0.4482372 0.8286146 0.8603733 0.2700229 


# Loading "mutoss" 
library("mutoss") 

# Applying BH function 
bh.adjustment <- BH(all.rows,alpha=0.1) 
# Benjamini-Hochberg's (1995) step-up procedure 
# Number of hyp.: 42421 
# Number of rej.: 0 

# Using p.adjust function 
adjP <- p.adjust(all.rows,method = "BH") 
adjP 
# [1] 0.9999772 0.9999772 0.9999772 0.9999772 0.9999772 0.9999772 0.9999772 
0.9999772 0.9999772 
# [10] 0.9999772 0.9999772 0.9999772 0.9999772 0.9999772 0.9999772 0.9999772 0.9999772 0.9999772 
# [19] 0.9999772 0.9999772 0.9999772 0.9999772 0.9999772 0.9999772 0.9999772 0.9999772 0.9999772 

値は、ベクトル 'adjP'の最後まで同じです。上記のRコードで何か間違っていますか？

ありがとうございます！

Answer 1

これは「問題」自体ではありません。 BH補正の詳細については、これらの2つの記事をご覧ください。 CrossValidatedおよび StackOverflow

あなたが持っているデータは（適切に前処理され/正規化されていると仮定して）、性別によって大きな違いはないことを示唆しています。あなたが考慮する必要がある（バッチ、年齢、病状など）他の交絡効果があるかもしれません。