RでPearsonまたはSpearmanの相関を計算する方法は？

Question

私は、データフレームを持っている：

name   sample1.bed sample2.bed sample3.bed 
sample1.bed  1    0.0378736 0.044313 
sample2.bed  0.0378736  1   0.270536 
sample3.bed  0.044313  0.270536  1 

私はピアソンまたはスピアマンの相関を計算し、データフレーム怒鳴るからヒートマップグラフをプロットしたいです。

私の元データ：

fBrain-DS14718 fBrain-DS14718 1.000000 

fBrain-DS14718 fBrain-DS16302 0.354341 

fBrain-DS14718 fHeart-DS15643 0.240543 

Answer 1

あなたのデータフレームが既に相関行列で表示されます。生データがある場合は、マトリクスにcor関数を使用し、引数として 'spearman'または 'pearson'を使用できます。その後、結果をgplotsパッケージからheatmap.2に渡して可視化します。