igraphを使ってRに複数の離散ネットワークを描画する

Question

私は描画したい単純な方向関係（parent-> child）を持っています。私のデータは、多くの個別のサブネットワークが存在するように構成されています。私のような偽のデータがあります。

require(igraph) 
parents<-c("A","A","C","C","F","F","H","I") 
children<-c("B","C","D","E","G","H","I","J") 
begats<-data.frame(parents=parents,children=children) 
graph_begats<-graph.data.frame(begats) 
plot(graph_begats) 

偽データには2つの異なるサブネットワークがあり、それぞれ厳密に親子系統です。私は両方の系統を同じウィンドウ（理想的には同じ頂点座標系）にツリーネットワークとして描画する必要があります。私はlayout.reingold.tilford（）を使ってみましたが、せいぜい私が描くことができるのはツリーの1つで、他のすべての頂点がルート頂点の上にプロットしています。

lo<-layout.reingold.tilford(graph_begats,root=1) 
plot(graph_begats,layout=lo) 

任意の数の離散系統に対してこれを行うためのアイデアはありますか？

Answer 1

上記のように、1つの解決策は、各コンポーネントごとにレイアウトを個別に計算することです。かなり簡単です。適切に行うにはいくつかのコードが必要です。以下のコードは、任意の数のコンポーネントに対して機能するはずです。トポロジカルな順序付けの最初の頂点は、各ツリーのルートノードとして使用されます。

require(igraph) 

## Some data 
parents <- c("A", "A", "C", "C", "F", "F", "H", "I") 
children <- c("B", "C", "D", "E", "G", "H", "I", "J") 
begats <- data.frame(parents=parents, children=children) 
graph_begats <- graph.data.frame(begats) 

## Decompose the graph, individual layouts 
comp <- decompose.graph(graph_begats) 
roots <- sapply(lapply(comp, topological.sort), head, n=1) 
coords <- mapply(FUN=layout.reingold.tilford, comp, 
       root=roots, SIMPLIFY=FALSE) 

## Put the graphs side by side, roots on the top 
width <- sapply(coords, function(x) { r <- range(x[, 1]); r[2] - r[1] }) 
gap <- 0.5 
shift <- c(0, cumsum(width[-length(width)] + gap)) 
ncoords <- mapply(FUN=function(mat, shift) { 
    mat[,1] <- mat[,1] - min(mat[,1]) + shift 
    mat[,2] <- mat[,2] - max(mat[,2]) 
    mat 
}, coords, shift, SIMPLIFY=FALSE) 

## Put together the coordinates for the original graph, 
## based on the names of the vertices 
lay <- matrix(0, ncol=2, nrow=vcount(graph_begats)) 
for (i in seq_along(comp)) { 
    lay[match(V(comp[[i]])$name, V(graph_begats)$name),] <- ncoords[[i]] 
} 

## Plot everything 
par(mar=c(0,0,0,0)) 
plot(graph_begats, layout=lay)