長所!大規模なバイオフォーマットファイルを、非同期にアクセスできるデータベースのようなファイルに変換する方法JavaScript
生物学的データをキャンバスチャートにレンダリングする視覚化プロジェクトがあります。キャンバスを生成するのに、jgv.js(doc API)というjavascritpフレームワークを使用しています。コード内トラックの
<!DOCTYPE html>
<html lang="en">
<head>
<meta charset="UTF-8">
<title>IGV Data Vis</title>
<link rel="stylesheet" href="source/jquery-ui.css">
<link rel="stylesheet" href="source/font-awesome.min.css">
<link rel="stylesheet" href="source/igv-1.0.1.css">
<script src="source/jquery.min.js"></script>
<script src="source/jquery-ui.min.js"></script>
<script src="source/igv-1.0.1.js"></script>
</head>
<body>
<div id="container"></div>
<script>
let options = {
palette: ["#00A0B0", "#6A4A3C", "#CC333F", "#EB6841"],
locus: "7:55,085,725-55,276,031",
reference: {
id: "hg19",
fastaURL: "//igv.broadinstitute.org/genomes/seq/1kg_v37/human_g1k_v37_decoy.fasta",
cytobandURL: "//igv.broadinstitute.org/genomes/seq/b37/b37_cytoband.txt"
},
trackDefaults: {
bam: {
coverageThreshold: 0.2,
coverageQualityWeight: true
}
},
tracks: [
{
name: "Genes",
url: "//igv.broadinstitute.org/annotations/hg19/genes/gencode.v18.collapsed.bed",
index: "//igv.broadinstitute.org/annotations/hg19/genes/gencode.v18.collapsed.bed.idx",
displayMode: "EXPANDED",
height: 350,
color: '#ff0000'
}
]
};
let browser = igv.createBrowser(document.getElementById('container'), options);
</script>
</body>
</html>
項目以上のプレーンテキストファイルやバイナリファイルの形態であることが可能で生体情報たstatments(*以下のとおりです。ここで
は、簡単な設定のデモです.bam)。
問題は、バイオファイルが大変大きくて、私が直接アクセスできない、クライアントに言及していないということです。以下のような:
ので、は、それらのファイルが1枚ずつアクセス可能にする任意のバックエンドのソリューションがありますか?ちょうどAJAXのように。
ご了承ください。
biostars.org求めることができますか?ヒトゲノムのすべての塩基対? –
@gerardoFurtadoはい – 1Cr18Ni9