Tukeys post-hoc on ggplot boxplot

Question

これでかなり近づいていると思いますが、最後にボックスプロットを作成しようとするとエラーになります。私の目標は、各ボックスプロットの上の時間点の間に統計的関係を表す文字を配置することです。私はこのサイトでこの2つの議論を見たことがあり、コードから結果を再現することはできますが、それを自分のデータセットに適用することはできません。

パッケージここ

library(ggplot2) 
library(multcompView) 
library(plyr) 

が私のデータである。

dput(WaterConDryMass) 
structure(list(ChillTime = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 5L, 5L, 5L, 5L), .Label = c("Pre_chill", 
"6", "13", "24", "Post_chill"), class = "factor"), dmass = c(0.22, 
0.19, 0.34, 0.12, 0.23, 0.33, 0.38, 0.15, 0.31, 0.34, 0.45, 0.48, 
0.59, 0.54, 0.73, 0.69, 0.53, 0.57, 0.39, 0.8)), .Names = c("ChillTime", 
"dmass"), row.names = c(NA, -20L), class = "data.frame") 

ANOVAおよびTukeyのポストホック

Model4 <- aov(dmass~ChillTime, data=WaterConDryMass) 
tHSD <- TukeyHSD(Model4, ordered = FALSE, conf.level = 0.95) 
plot(tHSD , las=1 , col="brown") 

機能：

generate_label_df <- function(TUKEY, flev){ 

    # Extract labels and factor levels from Tukey post-hoc 
    Tukey.levels <- TUKEY[[flev]][,4] 
    Tukey.labels <- multcompLetters(Tukey.levels)['Letters'] 
    plot.labels <- names(Tukey.labels[['Letters']]) 

    boxplot.df <- ddply(WaterConDryMass, flev, function (x) max(fivenum(x$y)) + 0.2) 

    # Create a data frame out of the factor levels and Tukey's homogenous group letters 
    plot.levels <- data.frame(plot.labels, labels = Tukey.labels[['Letters']], 
          stringsAsFactors = FALSE) 

    # Merge it with the labels 
    labels.df <- merge(plot.levels, boxplot.df, by.x = 'plot.labels', by.y = flev, sort = FALSE) 
    return(labels.df) 
} 

箱ひげ図：

ggplot(WaterConDryMass, aes(x = ChillTime, y = dmass)) + 
    geom_blank() + 
    theme_bw() + 
    theme(panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank()) + 
    labs(x = 'Time (weeks)', y = 'Water Content (DM %)') + 
    ggtitle(expression(atop(bold("Water Content"), atop(italic("(Dry Mass)"), "")))) + 
    theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5, face='bold')) + 
    annotate(geom = "rect", xmin = 1.5, xmax = 4.5, ymin = -Inf, ymax = Inf, alpha = 0.6, fill = "grey90") + 
    geom_boxplot(fill = 'green2', stat = "boxplot") + 
    geom_text(data = generate_label_df(tHSD), aes(x = plot.labels, y = V1, label = labels)) + 
    geom_vline(aes(xintercept=4.5), linetype="dashed") + 
    theme(plot.title = element_text(vjust=-0.6)) 

エラー：

Error in HSD[[flev]] : invalid subscript type 'symbol' 

Answer 1

私は私はあなたが以下の通りですチュートリアル、または非常によく似たものを見つけたと思います。あなたは、おそらくこの小さなものをいくつか欠いてしまうのを避けるために、この全体をあなたの作業スペース、機能、そしてすべてにコピーして貼り付けるのが最善でしょう。

基本的に私は手紙にチュートリアル（http://www.r-graph-gallery.com/84-tukey-test/）に従い、最後にいくつかの必要な調整を追加しました。それはコードのいくつかの余分な行を追加しますが、それは動作します。

generate_label_df <- function(TUKEY, variable){ 

    # Extract labels and factor levels from Tukey post-hoc 
    Tukey.levels <- TUKEY[[variable]][,4] 
    Tukey.labels <- data.frame(multcompLetters(Tukey.levels)['Letters']) 

    #I need to put the labels in the same order as in the boxplot : 
    Tukey.labels$treatment=rownames(Tukey.labels) 
    Tukey.labels=Tukey.labels[order(Tukey.labels$treatment) , ] 
    return(Tukey.labels) 
} 

model=lm(WaterConDryMass$dmass~WaterConDryMass$ChillTime) 
ANOVA=aov(model) 

# Tukey test to study each pair of treatment : 
TUKEY <- TukeyHSD(x=ANOVA, 'WaterConDryMass$ChillTime', conf.level=0.95) 

labels<-generate_label_df(TUKEY , "WaterConDryMass$ChillTime")#generate labels using function 

names(labels)<-c('Letters','ChillTime')#rename columns for merging 

yvalue<-aggregate(.~ChillTime, data=WaterConDryMass, mean)# obtain letter position for y axis using means 

final<-merge(labels,yvalue) #merge dataframes 

ggplot(WaterConDryMass, aes(x = ChillTime, y = dmass)) + 
    geom_blank() + 
    theme_bw() + 
    theme(panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank()) + 
    labs(x = 'Time (weeks)', y = 'Water Content (DM %)') + 
    ggtitle(expression(atop(bold("Water Content"), atop(italic("(Dry Mass)"), "")))) + 
    theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5, face='bold')) + 
    annotate(geom = "rect", xmin = 1.5, xmax = 4.5, ymin = -Inf, ymax = Inf, alpha = 0.6, fill = "grey90") + 
    geom_boxplot(fill = 'green2', stat = "boxplot") + 
    geom_text(data = final, aes(x = ChillTime, y = dmass, label = Letters),vjust=-3.5,hjust=-.5) + 
    geom_vline(aes(xintercept=4.5), linetype="dashed") + 
    theme(plot.title = element_text(vjust=-0.6))