）（システムを使用して、複数のRスクリプトを実行するコマンド

Question

私は、私は2つのパラメータに基づいて機能を実行するために、コマンドでそれぞれを57個の新しいRスクリプトを生成マスタースクリプトを書かれているのWindows 7でRStudioを実行している：

vector1 <- c(1:19) 
vector2 <- c(1:3) 

まず、マスタースクリプトが使用する2つのforループの私の作業ディレクトリに57個の各スクリプトを生成する（「DEF」ベクトル2のインデックスを使用してベクトル1、1のインデックス「ABC」を使用して1）次のファイル名規則を使用します。

run_inference_<<vector1[abc]>>_<<vector2[def]>>.R 

その部分は正常に実行されます。57個のスクリプトのそれぞれは、正しいコマンドを内部で生成しています。私の作業ディレクトリは今などrun_inference_1_1.R、run_inference_1_2.Rを、ファイルが含まれてい

私がやりたい最後の事は同時に私のマスターからのすべての57個のスクリプトを実行し、その後です。私はforループの中で以下を試しました：

system(paste0("Rscript run_inference_",abc, "_", def, ".R"),wait = F) 

これは動作しません。しかし、57個の生成されたスクリプトの1つを開いて実行すると、そのスクリプトから望ましい結果が得られます。これは私が書いたsystem（）コマンドの中に問題があることを示しています。

57個のスクリプトのそれぞれは、計算に集中していません（まだ）ので、私が今実行したいテストは自分のPCで2分かかります。 system（）コマンドを編集して57のスクリプトを同時に実行するにはどうしたらいいですか？

Answer 1

大きなスクリプトでsystemを一度呼び出すと、実行しているプログラムがスクリプト自体を並列化する方法を知らない限り、これを行わないでください。異なるRプロセスから複数回systemを呼び出すことでこれを行います。

scripts <- paste0("Rscript run_inference_", abc, "_", def, ".R") 

# make lots of R processes, assuming the script to be called won't eat CPU 
cl <- parallel::makeCluster(30) 

parallel::parLapply(cl, scripts, function(script) system(script)) 
parallel::stopCluster(cl)