R-パラメトリック法で予測される生存曲線

Question

Rでsurvivまたはflexsurvregの予測生存プロットを作成しようとしていますが、survivで複数の予測変数を使用するとプロットの誤差が生じます。私はflexsurvregまたはsurvregを使用してそれを試してみたいと思います。肺のデータセットについては、モデルに合わせて次のコードを使用しました。

require(survival) 
s <- with(lung,Surv(time,status)) 

sWei <- survreg(s ~ as.factor(sex)+age+ph.ecog+wt.loss+ph.karno,dist='weibull',data=lung) 

fitKM <- survfit(s ~ sex,data=lung) 
plot(fitKM) 

lines(predict(sWei, newdata=list(sex=1),type="quantile",p=seq(.01,.99,by=.01)),seq(.99,.01,by=-.01),col="blue") 
lines(predict(sWei, newdata=list(sex=2),type="quantile",p=seq(.01,.99,by=.01)),seq(.99,.01,by=-.01),col="red") 

上記のコマンドをプロットするときにエラーが発生します。予期された生存曲線をプロットするときに私がどこに間違っているかを教えてください。

> lines(predict(sWei, newdata=list(sex=1),type="quantile",p=seq(.01,.99,by=.01)),seq(.99,.01,by=-.01),col="red") 
Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'age' not found 

Answer 1

カーブをプロットできるように、listの値をモデルのすべての変数に与える必要があります。

require(survival) 
s <- with(lung,Surv(time,status)) 

sWei <- survreg(s ~ as.factor(sex)+age+ph.ecog+wt.loss+ph.karno,dist='weibull',data=lung) 

fitKM <- survfit(s ~ sex,data=lung) 
plot(fitKM) 

lines(predict(sWei, newdata=list(sex=1, 
           age = 1, 
           ph.ecog = 1, 
           ph.karno = 90, 
           wt.loss = 2), 
           type="quantile", 
           p=seq(.01,.99,by=.01)), 
           seq(.99,.01,by=-.01), 
           col="blue") 
lines(predict(sWei, newdata=list(sex=2, 
           age = 1, 
           ph.ecog = 1, 
           ph.karno = 90, 
           wt.loss = 2), 
           type="quantile", 
           p=seq(.01,.99,by=.01)), 
           seq(.99,.01,by=-.01), 
           col="red")