特定のvirtualenvを使用してJupyterノートブック内でPythonスクリプトを実行

Question

Jupyterノートブック内から長時間実行するPythonスクリプトを実行して、途中で生成されたデータ構造をハックすることができます。

スクリプトには多くの依存関係とコマンドライン引数があり、特定のvirtualenvで実行されます。特定のvirtualenv（Jupyterインストールのそれとは違う）からノートブックの中で対話的にPythonスクリプトを実行することは可能ですか？

ありがとう！

Answer 1

私は、このリンクは非常に有用であることが判明：

https://ocefpaf.github.io/python4oceanographers/blog/2014/09/01/ipython_kernel/

はあなたのvirtualenvのにjupyterをインストールピップていることを確認してください。後でリンクが消える場合は、ここに要点があります：

新しいカーネルを作成する必要があります。あなたはJSONファイルでカーネルを指定します。あなたのカーネルは通常~/.ipython/kernelsにあります。あなたのvirtualenvの名前でディレクトリを作成し、その中にkernel.jsonファイルを作成します。例えば、私のパスのいずれかが~./ipython/kernels/datamanip/kernel.json

のように見えますここに私のkernel.jsonファイルは次のようになります。

{ 
    "display_name": "Data Manipulation (Python2)", 
    "language": "python", 
    "codemirror_mode": { 
    "version": 3, 
    "name":"ipython" 
    }, 
    "argv": [ 
    "/Users/ed/.virtualenvs/datamanip/bin/python", 
    "-c", 
    "from IPython.kernel.zmq.kernelapp import main; main()", 
    "-f", 
    "{connection_file}" 
    ] 
} 

私はcodemirror_modeオブジェクトがやっているまさに確かではないけど、それはしていないようです何か危害を加えなさい。

Answer 2

ノートブックのカーネルを他のノートブックで利用できるようにするもう少し簡単な方法です。

私はLinux + virtualenv + virtualenvwrapperを使用しています。異なるセットアップを使用している場合は、いくつかのコマンドを適切なものに変更してください。

mkvirtualenv jupyter2 
workon jupyter2 
(jupyter2) pip install jupyter 
(jupyter2) ipython kernel install --name "jupyter2_Python_2" --user 

最後のコマンドは~/.local/share/jupyter/kernels/jupyter2\ python\ 2/ディレクトリ

mkvirtualenv -p /usr/bin/python3 jupyter3 
// this uses python3 as default python in virtualenv 
workon jupyter3 
(jupyter3) pip install jupyter 
(jupyter3) ipython kernel install --name "jupyter3_Python_3" --user 

のために同じものを完了したら、あなたは関係なく、あなたがjupyterを開始するために使用しているもののenv、両方のカーネルを参照してくださいべきではありませんが作成されます。 ~/.local/share/jupyter/kernels/に直接カーネルへのリンクを削除することができます。 場所を指定する場合は、ipython kernel install (--help)にオプションを指定するか、1つのノートブックから複数のケレンネルを実行する場合は~/.local/share/jupyter/kernels/〜~/envs/jupyter3/share/jupyterのディレクトリをコピーしてください。

Answer 3

@歌手の解決策は私にとっては役に立たなかった。ここで働いていたものです：

. /path/to/virtualenv/.venv/bin/activate 
python -m ipykernel install --user --name .venv --display-name .venv 

参考：Kernels for different environments（公式ドキュメント）

Answer 4

はここ（非condaのpython）私のために働いていたものです：。 （MacOSの、パイソンの醸造バージョン使用すると、システムのpythonを使用している場合、例えば、その後、新たに開始する場合は、sudoと、各コマンド）

最初のアクティブ化virtualenvの

を付加必要があります（ます）があり、あなたは

(py2env)$ python -m ipykernel install --user --name testenv --display-name "Python2 (py2env)" 

その後、ノートブックをjupyter起動設定、

$pip install virtualenvwrapper 
$mkvirtualenv -p python2 py2env 
$workon py2env 

# This will activate virtualenv 

(py2env)$ 

# Then install jupyter within the active virtualenv 
(py2env)$ pip install jupyter 

# jupyter comes with ipykernel, but somehow you manage to get an error due to ipykernel, then for reference ipykernel package can be installed using: 
(py2env)$ pip install ipykernel 

次virtualenvwrapperカーネルを使用することができjupyterに

(py2env)$ jupyter notebook 
# or 
#$ jupyter notebook 

（venvは、このステップのために有効にする必要はありません）ノートブックのドロップダウンメニュー：Kernel >> Change Kernel >> <list of kernels>Python2 (py2env)カーネル

これにより、Pythonバージョンのカーネルを簡単に識別し、どちらかを並行して維持することもできます。ここ

は、それはあなたがあなたのIPythonのノートPC用にvirtualenvを使用することができますdocumentation

に基づいて、本当に簡単です詳細ドキュメント http://ipython.readthedocs.io/en/stable/install/kernel_install.html

Answer 5

へのリンクです。次のステップ、ステップ1のため、実際には不要に従ってください、ちょうどあなたが私の-virtualenvの名の＃はあなたのvirtualenvのをアクティブにworkonあなたはvirtualenvに

をipythonカーネルモジュールをインストールしsource ~/path-to-your-virtualenv/

1. を経由してあなたのvirtualenvのをアクティブにしますあなたがいない場合は、すでに ピップは

2. をipykernelインストール（最も重要なステップ）今カーネル「自己インストール」のスクリプトを実行します。

   を

   python -m ipykernel install --user --name = my-virtualenv-name --nameパラメーターを適切に置き換えます。

3. カーネルは、IPythonのノートブックメニュー：Kernel -> Change kernelで見ることができるはずです。リストに表示される前に、ページを更新する必要があるかもしれません。 IPythonはその後、そのノートブックにどのカーネルを使うべきかを覚えています。