2016-08-18 11 views
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RとPythonコードを同じJupyterノートブックで実行することは可能ですか?利用できるすべての選択肢は何ですか?1つのJupyterノートブック内のRとPython

  1. Jupyterでr-essentialsをインストールし、Rノートブックを作成します。
  2. rpy2をインストールし、rmagic関数を使用します。
  3. ビーカーノートブックを使用してください。

PythonとRコードスニペット(共有変数とビジュアライゼーション)を実行するのに信頼性の高いオプションは3つありますか?

答えて

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同じノートブックでRとPythonの両方の構文を使用するのは難しいでしょう。主に2つの言語のオブジェクトの基本的な表現が異なるためです。 http://beakernotebook.com/features

私はそれを自分自身を使用していないが、それははい、それは可能である

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有望に見える:それは言った、同じノートブック内のオブジェクトと異なる言語の変換を許可するようにしようとしたプロジェクトがあります! rpy2を使用してください。

あなたはとrpy2をインストールすることができます:あなたの細胞の一つで%load_ext rpy2.ipythonを実行しpip install rpy2

。 (あなたは一度だけこれを実行する必要があります。)

は今、あなたは次の操作を行うことができます。

Pythonのセル:

# enables the %%R magic, not necessary if you've already done this 
%load_ext rpy2.ipython 

import pandas as pd 
df = pd.DataFrame({ 
    'cups_of_coffee': [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9], 
    'productivity': [2, 5, 6, 8, 9, 8, 0, 1, 0, -1] 
}) 

Rセル:

# import df from global environment 
# make default figure size 5 by 5 inches with 200 dpi resolution 
%%R -i df -w 5 -h 5 --units in -r 200 
install.packages("ggplot2", repos='http://cran.us.r-project.org', quiet=TRUE) 
library(ggplot2) 
ggplot(df, aes(x=cups_of_coffee, y=productivity)) + geom_line() 

をそして、あなたはよPython Pandas DataFrameからあなたの美しい姿をプロットしてください。

-1

1つのノートブックで2つの言語を使用することはお勧めしません。代わりに、プロジェクトレベルでRとPythonコードをinput \ outputファイルベースに接続することでオーケストレーションすることができます。 DVCのようなデータサイエンスツールを使用すると、それを行うのに役立ちます。

あなたはこのブログの記事でいくつかのコード例を見つけるかもしれない:(MacOSの中)のpythonカーネル内jupyterノートにRを実行するためのUUTの答え@使用Best practices of orchestrating Python and R code in ML projects

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これは無回答であり、あなたが仕事をしているプロジェクトをサポートしているだけです。リンクしているgit repoを参照してください。少なくともあなたの「代わりの」声明がそれに続く理由を説明してください。 – mnky9800n

2

、以下が私のために働きました。

%%Rsyntax error if %%R not at the top of the cell

下の図に示すように、常にセルの先頭にあるべきことは他に次のような正しい方法でエラーが発生します。Right way to invoke R within python kernelまた%load_ext rpy2.ipython

%%R前に来る必要がありますので、置きます図に示されているように、その上にある別のセルにあります。

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