MakeファイルのLSFジョブ配列

Question

LSFジョブ配列を実行して、メークファイルにターゲットを作成しています。 しかし、配列が送信されると、makeはターゲットのコマンドが実行されたとみなし、ターゲットが存在しないためエラーをスローします。

他の依存ターゲットに移動する前に、LSFジョブアレイの完了まで待つようにするにはどうすればよいですか？

例：

all: final.txt 

first_%.txt: 
    bsub -J" "jarray[1-100]" < script.sh 

final.txt: first_%.txt 
    cat first_1.txt first_50.txt first_100.txt > final.txt 

残念なことに-Kフラグがジョブアレイはサポートされていません。

Answer 1

try bsub -Kこれは、ジョブが完了するまで、bsubがフォアグラウンドにとどまるようにする必要があります。

編集

オプションがアレイでサポートされていないので、私はあなたが別の仕事としてあなたのアレイを提出しなければならないと思う、のようなもの：あなたがする必要があります

for i in `seq 1 100`; do 
      export INDEX=$i 
      bsub -K < script.sh & 
done 
wait 

ジョブ配列インデックスを使用する代わりに、手動でインデックスをスクリプトに渡します。

Answer 2

bsubコマンドを実行すると、ジョブが完了するまで待つ必要があります。私はそれを使用したことがありませんが、the man pageによれば、このために-Kオプションを追加することができます。