2016-11-30 13 views
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私はクラスター上でジョブを提出する初心者です。私はRを使用してコードを作成し、私の目的は一連のファイル名を実行することです。例えばと言う。 main1.R、main2.Rなど約100までです。これらのRスクリプトはすべて独立したスクリプトであり、入力引数はありません。代わりにLSF順ファイル名ジョブの提出

bsub - W 24:00 -n 48 "R --vanilla --slave < main1.R" 

としてこれらを提出するというように100個のファイルまでの、ファイル名を指定するには、ジョブ配列を使用する方法はありますし、これは、入力引数として渡されません。

私はいくつかのドキュメントを見上げるなかったと私は見ることができる最高の任意のヒントやアイデアは、大きな助けになるでしょう

bsub - W 24:00 -n 48 -J "myarray[1:1000] "R --vanilla --slave < main%I.R" 

ました。 ありがとう

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100個のRscriptはすべて共通していません。あなたは 'main.R'の例を載せても構いませんか? – zx8754

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'%I'は' -cwd'、 '-i'などのbsubオプションのためにLSFによって解釈されますが、コマンドラインではLSFがジョブ環境に置く環境変数を使用する必要があります。 '' R --vanilla --slave

答えて

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-iオプションbsubは役に立ちますか?これを試してみてください:

bsub -i main%I.R -J "array[1-100]" "R --vanilla --slave" 
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