rデータフレーム内の列から隣接行列を作成する

Question

ネットワーク視覚化手法のテストに興味がありますが、これらの関数を試す前に、次のようなデータフレームを使用して隣接行列を作成します。

Id Gender Col_Cold_1 Col_Cold_2 Col_Cold_3 Col_Hot_1 Col_Hot_2 Col_Hot_3 
10 F   pain  sleep  NA   infection medication walking 
14 F   Bump  NA   muscle  NA   twitching flutter 
17 M     pain   hemoloma Callus  infection 
18 F   muscle     pain     twitching medication 

私の目標は、例えば

1) All values in columns with keyword Cold will contribute to the rows 
2) All values in columns with keyword Hot will contribute to the columns 

を次のように隣接行列を作成することで、pain, sleep, Bump, muscle, hemalomaは、キーワードと列の下にコールドセル値であり、彼らは、以下のような行やセルの値を形成することになりますinfection, medication, Callus, walking, twitching, flutterはキーワードのホットを持つ列の下にあり、これは関連マトリックスの列を形成します。

最終的な所望の出力は次のように表示されます：

  infection medication walking twitching flutter Callus 
    pain 2   2   1  1     1 
    sleep 1   1   1 
    Bump         1   1 
    muscle    1     1 
hemaloma 1             1 

• [pain, infection] = 2疼痛および感染の間の関連は、元のデータフレームに二回発生するため：行3に再び行1と。

• [pain, medication] = 2疼痛及び薬物間の関連付けは行1で二回1回発生し、再度行のため4.

このような関連マトリックスを作成するためのアドバイスやアドバイスをいただきありがとうございます。

再現データセット

df = structure(list(id = c(10, 14, 17, 18), Gender = structure(c(1L, 1L, 2L, 1L), .Label = c("F", "M"), class = "factor"), Col_Cold_1 = structure(c(4L, 2L, 1L, 3L), .Label = c("", "Bump", "muscle", "pain"), class = "factor"), Col_Cold_2 = structure(c(4L, 2L, 3L, 1L), .Label = c("", "NA", "pain", "sleep"), class = "factor"), Col_Cold_3 = structure(c(1L, 3L, 2L, 4L), .Label = c("NA", "hemaloma", "muscle", "pain"), class = "factor"), Col_Hot_1 = structure(c(4L, 3L, 2L, 1L), .Label = c("", "Callus", "NA", "infection"), class = "factor"), Col_Hot_2 = structure(c(2L, 3L, 1L, 3L), .Label = c("infection", "medication", "twitching"), class = "factor"), Col_Hot_3 = structure(c(4L, 2L, 1L, 3L), .Label = c("", "flutter", "medication", "walking"), class = "factor")), .Names = c("id", "Gender", "Col_Cold_1", "Col_Cold_2", "Col_Cold_3", "Col_Hot_1", "Col_Hot_2", "Col_Hot_3"), row.names = c(NA, -4L), class = "data.frame") 

Answer 1

一つの方法は、xtabsを使用し、その後、 "整頓" フォームにデータセットを作ることです。まず、いくつかのクリーンアップ：

今

df[] <- lapply(df, as.character) # Convert factors to characters 
df[df == "NA" | df == "" | is.na(df)] <- NA # Make all blanks NAs 

を、きちんとしたデータセット：

library(tidyr) 
library(dplyr) 
out <- do.call(rbind, sapply(grep("^Col_Cold", names(df), value = T), function(x){ 
    vars <- c(x, grep("^Col_Hot", names(df), value = T)) 
    setNames(gather_(select(df, one_of(vars)), 
    key_col = x, 
    value_col = "value", 
    gather_cols = vars[-1])[, c(1, 3)], c("cold", "hot")) 
}, simplify = FALSE)) 

アイデアは、「ホット」列のそれぞれと「冷たい」列のそれぞれを作るために、「ペア」にあります長いデータセット。 outは次のようになります。

xtabs(~ cold + hot, na.omit(out)) 
#   hot 
# cold  Callus flutter infection medication twitching walking 
# Bump   0  1   0   0   1  0 
# hemaloma  1  0   1   0   0  0 
# muscle  0  1   0   1   2  0 
# pain   1  0   2   2   1  1 
# sleep   0  0   1   1   0  1