R：NA/NaNの/ Infの外部関数呼び出しで（引数1）vegdist

Question

のために、私は次のコードを使用して非類似度行列を作るしようとしています：

：

BC26bBrayCurtisMatrix<-vegdist(BC2_6b_OTU, method="bray", binary=FALSE, diag=FALSE, upper=FALSE,na.rm = FALSE) 

を、私はこのエラーを取得しています私が試してみました

Error in vegdist(BC2_6b_OTU, method = "bray", binary = FALSE, diag = FALSE, NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 1) 

：

is.na(BC2_6b_OTU) 

を出力は、テーブルの最後の2列を除くすべてFALSEを返します。これらは実際に私のBC2_6b_OTU.csvファイルでは空白ですが、このis.na出力の後に 'TRUE'と言います。これが問題だろうか？もしそうなら、この行を削除するには？

他の提案？私はRに新しいですし、私は助けに感謝します！

Answer 1

あなたが特定の列を削除したい場合は、この.CSVは、スプレッドシートプログラムで作成されたということでしょう

x <- x[, c(ncol(x), ncol(x)-1)] 

または

x <- x[ , !sapply(x, FUN = function(n) any(is.na(n)))) 

私の推測を行うことができますか？その場合は、データセットの最後にある「空の」列を削除し、クリーンなセットで作業することを検討してください。

ここでは、NAが問題を引き起こす可能性があることを示しています。

library(vegan) 

data(varespec) 
vare.dist <- vegdist(varespec) 

varespec$sneakycol1 <- NA 
varespec$sneakycol2 <- NA 

sneaky.dist <- vegdist(varespec, method = "bray")