PGLS（Pagelのラムダ）を実行しようとすると、外部関数呼び出し（arg 1）のNA/NaN/Inf

Question

添付データセットでPGLSを実行しようとしていますが、次のエラーメッセージが表示され続けます。

Error in corFactor.corStruct(object) : 
    NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 1) 

私のデータセットには無限の値がありません。

pglsPL <- gls(Y10 ~ X10, 
       data = frame, correlation = corPagel(1, phy=trimTree, fixed=FALSE), method="ML") 
summary(pglsPL) 

DATA：：

Y 20 
-182.1 
-0.1 
-12.15 
-129.3 
-657.05 
187.7 
-666.25 
-220.1 
-125.55 
-487.15 
-147.4 
-345.6 
-1385 
-201.55 
-288.9 
-265.25 
-454.85 
-394.75 
-305.9 
-182.85 
-487.3 
-353.6 
-162.05 
-61.55 
-1226.95 
-371.9 
-445.75 
-1058.65 
35.85 
-1009.65 
-37.1 
-201.95 
-14.7 
-426.15 
-0.95 
-434.55 
-385.85 
-403.65 
-348.65 
-746.1 
-643.9 
-91.55 
-301.1 
-102.85 
-472 
-112.7 
187.45 
-26.6 
-91.8 
-282.65 
-369.95 
-271.3 
132.9 
-91.7 
719.55 
-363.45 
56.45 
-482.9 
-201.9 
-258.9 
149.1 
-1229.1 
202.05 
-469.3 
768.1 

X 20 
-23.355 
-17.79692377 
-22.675 
-21.21804525 
-35.605 
-11.99514672 
-26.875 
-32.875 
-21.27939088 
-18.38583804 
-27.095 
-43.135 
-26.86 
-20.24134812 
-19.32 
-21.86912901 
-17.71334558 
-23.29926969 
-27.33 
-21.85112778 
-22.01501812 
-40.965 
-21.38862038 
-21.88734839 
-41.27 
-33.51 
-37.72 
-36.585 
-20.62247107 
-15.80767523 
-17.89937246 
-21.8677635 
-22.90775766 
-34.765 
-28.325 
-16.965 
-39.205 
-37.55 
-26.33 
-40.135 
-23.1899714 
-23.07386214 
-23.23526629 
-17.78675062 
-30.85 
-19.83217683 
-14.34 
-20.89054901 
-15.95026538 
-36.485 
-35.855 
-34.445 
-14.15935389 
-22.17738786 
-15.59101754 
-16.95864315 
-21.33446617 
-36.285 
-19.05616876 
-19.95657141 
-20.4025053 
-39.355 
-14.3912592 
-18.50591797 
-11.81825505 

残念ながら私は系統樹を添付することはできませんPGLSため

コード。

Answer 1

あなたの質問には詳細な説明はありませんが、私はいくつかのコメントがあります。一般的に

1. 、R-SIG-phylo電子メールのリストは、質問に関するPGLS

2. のためのより良い場所でしょうあなたは、ラムダの開始値を変更しようとしたことがありますか？もしそうでなければ、私はそれを改造することを提案するでしょう。 R-SIG-phyloのThis discussionがお手伝いします。

3. の機能を使用して、caperパッケージのお試しをお試しください。