Rパッケージに属する関数のスケジューリング

Question

入力データを取り出し、出力データを外部データベース（PostgreSQL）に書き込むことによって、一連の解析を実行することを目標とするRパッケージを構築しようとしています。

具体的には、毎日実行するようにスケジュールされた一連の操作が必要です。したがって、私はRコード（ヘッダ#!/usr/bin/env Rscriptを使用）を使っていくつかのbashスクリプトを書いており、それらをRパッケージのexec/フォルダに保存しました。スクリプトは、R/フォルダ内のパッケージのコア機能をいくつか呼び出します。

この時点で、パッケージをLinuxサーバにインストールしたら、exec/フォルダ内のスクリプトに直接アクセスできるcrontabを設定するにはどうすればよいですか？

このような操作は正しいですか、それともベストプラクティスですか？

Answer 1

私たちはこれを行いますすべての吹き出し時間はです。ここに自宅で私はまた、例えば、CRANberriesのためのいくつかの定期的なcronjobsを持っています。あなたが参照しているexec/フォルダが動作しますが、私の好みの解決方法は、例えばinst/scripts/someScript.Rです。

パッケージライブラリからソフトウエアを作成する必要があるのは、/usr/local/lib/R/site-library/myPackage/scripts/someScript.R、$PATHのディレクトリ、たとえば/usr/local/binのディレクトリにする必要があります。

重要な点は、パッケージを更新してもソフトリンクが維持されることです。今、あなたは金色です。あなたが今必要とするのは、あなたのcrontabエントリーがsomeScript.Rを参照していることだけです。 Rscriptとlittlerのスクリプトを組み合わせて使用​​します。