.graphmlファイルからigraphグラフのリストを作成するにはR

Question

graphkernels R packageメソッドでCalculateVertexHistKernel(G)メソッドを実行して、two graphsの類似度を計算しようとしています。

Gはigraphグラフのリストです。 graphmlファイルのセットからigraphリストを作成するにはどうすればよいですか？

Answer 1

以下は、既存の.graphmlファイルのigraphグラフのリストを作成するためのコードです。グラフカーネルは、（正の）数値のみで動作します。したがって、私は演算子を数値コードで置き換えなければならなかった。私は使っている（* == 1）。それ以外の場合、関数CalculateVertexHistKernel（G）がクラッシュします。

#loading the files 
g1 <- read.graph("15_4.graphml", format = "graphml") 
g2 <- read.graph("30_2.graphml", format = "graphml") 

#replacing * with 1 
V(G[[1]])$label 
[1] NaN 15 4 #NaN is the * 
V(G[[2]])$label 
[1] NaN 30 2 

V(G[[1]])$label[1] <- 1 
V(G[[2]])$label[1] <- 1 

#creating the list 
gList = list(g1,g2) 

#computing similarity 
k<-CalculateVertexHistKernel(gList) 

パッケージの著者Dr.杉山博士は、このソリューションを提供しました。