変換およびnumpyの/

Question

scipyのダウンロードUPDATEで3Dボリュームをリサンプリング：

私はよくノートipython文書を作成しました。 コードだけが必要な場合は、最初の回答を見てください。私はグレースケール値の40x40x40ボリュームを持っている

質問

。 これは回転/シフト/せん断する必要があります。ここで

は均質変換の便利なコレクションです：http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/code/transformations.py.html

私は（位置ベクトル、値）のペアのように私ボリューム内のすべてのボクセルを処理する必要があります。 それから私は、変換されたベクトルのセットから各座標の位置とサンプルの新しい値を変換します。

サンプリングはかなり難しいようだ、と私はこれを見つけてうれしかった： https://docs.scipy.org/doc/scipy-0.18.1/reference/generated/scipy.ndimage.affine_transform.html#scipy.ndimage.affine_transform

The given matrix and offset are used to find for each point in the output the corresponding coordinates in the input by an affine transformation. The value of the input at those coordinates is determined by spline interpolation of the requested order. Points outside the boundaries of the input are filled according to the given mode.

は完璧ですね。

しかし、使い方は非常に難しいです。 Here誰かがそのコードを画像の回転に使用しています。 彼の回転行列は2x2なので、それは均質な座標ではありません。 Iは、関数に均質座標（2D）の並進マトリックスを通過しようとした：

dim =10 
arr=np.zeros((dim,dim)) 
arr[0,0]=1 
mat=np.array([[1,0,1],[0,1,0],[0,0,1]]) 
out3=scipy.ndimage.affine_transform(arr,mat) 
print("out3: ",out3) 

エラーを生成する：

Traceback (most recent call last): 
    File "C:/Users/212590884/PycharmProjects/3DAugmentation/main.py", line 32, in <module> 
    out3=scipy.ndimage.affine_transform(arr,mat) 
    File "C:\Users\212590884\AppData\Local\Continuum\Anaconda2\lib\site-packages\scipy\ndimage\interpolation.py", line 417, in affine_transform 
    raise RuntimeError('affine matrix has wrong number of rows') 
RuntimeError: affine matrix has wrong number of rows 

明らかに、これは同次座標で動作しません。 これを使ってデータをシフトするにはどうすればよいですか？

そして、これは単なる2Dにあったが、3Dで私もボリューム回転することができない。

dim =10 
arr=np.zeros((dim,dim,dim)) 
arr[0,0]=1 

angle=10/180*np.pi 
c=np.cos(angle) 
s=np.sin(angle) 
mat=np.array([[c,-s,0,0],[s,c,0,0],[0,0,1,0],[0,0,0,1]]) 
out3=scipy.ndimage.affine_transform(arr,mat) 
print("out3: ",out3) 

をエラーメッセージは同じです：affine matrix has wrong number of rows

は、変換するために、このメソッドを使用することが可能です私のボリューム？

私は、彼らがシフトを提供し、回転させますが、せん断ない、ヘルパーメソッドのコレクションが見つかりました： https://docs.scipy.org/doc/scipy-0.14.0/reference/ndimage.html

しかし、私は、カスタム変換行列を使用することを好むだろう。私は別のオプション見つけた

Answer 1

：座標の関数meshgridを生成することが可能であるnumpyのでmap_coordinates

を、その後、位置ベクトルを形成するためにそれらを積み重ねる/再構築。これらのベクトルは変換され、メッシュグリッド座標形式に変換されます。最後にmap_coordinatesでサンプリングの問題が解決されました。

は、私は、これは共通の問題であることを考えるとステップにより、すべてのステップを説明しipythonノートブックを作成しました：まだ一つの問題がある

http://nbviewer.jupyter.org/gist/lhk/f05ee20b5a826e4c8b9bb3e528348688

：座標の順番がおかしいです。あなたは直観的でない方法でメッシュグリッドを並べ替える必要があります。私のコードのバグかもしれません。

この座標の並べ替えは、変換の軸に影響を与えることに注意してください。 x軸の周りを何か回転させたい場合、対応するベクトルは（1,0,0）ではなく（0,1,0）です。本当に変です。

しかし、それは動作し、私は原理が明らかだと思います。