PyMC3：カテゴリ変数をサンプリングするときのPositiveDefiniteError

Question

私はDirichletを使用して事前にカテゴリ分布の簡単なモデルをサンプリングしようとしています。

import numpy as np 
from scipy import optimize 
from pymc3 import * 

k = 6 
alpha = 0.1 * np.ones(k) 

with Model() as model: 
    p = Dirichlet('p', a=alpha, shape=k) 
    categ = Categorical('categ', p=p, shape=1) 

    tr = sample(10000) 

そして、私はこのエラーを取得する：ここに私のコードです

PositiveDefiniteError: Scaling is not positive definite. Simple check failed. Diagonal contains negatives. Check indexes [0 1 2 3 4] 

Answer 1

問題がNUTSを正しく初期化に失敗していることです。

with pm.Model() as model: 
    p = pm.Dirichlet('p', a=alpha) 
    categ = pm.Categorical('categ', p=p) 

    step = pm.Metropolis(vars=p) 
    tr = pm.sample(1000, step=step) 

ここで私は手動でメトロポリスへpを割り当て、PyMC3が適切なサンプラーにcategを割り当てるせています：一つの解決策は、このように別のサンプラーを使用することです。