python dicom - dicomファイルからピクセル値を取得する

Question

私は、dicomライブラリを使ってpythonでdicomファイルのpixelvaluesを取得しようとしていました。

しかし、ゼロを含む配列だけを返します。

import dicom 

import numpy 

ds=pydicom.read_file("sample.dcm") 

print(ds.pixel_array) 

と結果が

[[0 0 0 ..., 0 0 0] 
[0 0 0 ..., 0 0 0] 
[0 0 0 ..., 0 0 0] 
..., 
[0 0 0 ..., 0 0 0] 
[0 0 0 ..., 0 0 0] 
[0 0 0 ..., 0 0 0]] 

であるあなたは、画素の値を取得する方法任意のアイデアを持っていますか：

私のコードは次のようでしたか？

ありがとうございます。

アンドラ

Answer 1

書かれたコードは動作するはずです。配列の先頭と末尾が真にゼロである可能性があります。

通常、画像の中央にあるものを見る方が意味があります。

例えば：

midrow = ds.Rows // 2 
midcol = ds.Columns // 2 
print(ds.pixel_array[midrow-20:midrow+20, midcol-20:midcol+20]) 

それはどこにでも本当にゼロであれば、それは真の画像やバグのいくつかの種類のいずれかです。おそらく、それが試されていない場合は、dicomビューアで読むことができます。ここ

Answer 2

import dicom 
import dicom_numpy 


dataset = dicom.read_file('sample.dcm') 
pixels, ijk_to_xyz = dicom_numpy.combine_slices([dataset]) 

pixelsは正しくスケール画素値を含むであろう、そしてijk_to_xyzはDICOM患者にインデックスをマッピング4x4のアフィン行列座標系です。

このコードスニペットは、dicom-numpyを使用します。これは、pydicomの上に構築された上位レベルの抽象化です。

DICOMファイルのセットからピクセル値を抽出するときには、最も一般的なユースケースを処理します。

RescaleSlopeを適用するDICOMシリーズ（あなたがこの機能を気にしない場合があります）

から複数のスライスを組み合わせる

• 属性がある場合はRescaleInterceptです。
• 我々はnumpyののndarrayにDICOMファイルから画像データを抽出するために必要なすべての私たちのプロジェクトでそれを使用ImageOrientationPatientとImagePositionPatient

を使用して3D空間内の画素値の位置を推測。