2017-10-09 11 views
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私はを参照して(同じサイズ(60x60x60)を有する.TIFF 3D画像のセットで計算骨格上にグラフを構築するために、私は、PIPを介してインストールしたPythonでSKNWパッケージを使用していhttps://github.com/yxdragon/sknw):問題は関数「build_sknw(SKE)」は、いくつかのイメージのため、その他のために働くということであるSKNWパッケージエラー

stack = skimage.io.imread('image1.tiff',plugin='tifffile') 
ske = skeletonize_3d(stack).astype(np.uint16) 

# build graph from skeleton 
graph = sknw.build_sknw(ske) 

私は、これら2つのエラーのいずれかを取得:

IndexError      Traceback (most recent call last) 
<ipython-input-9-f133f5f3fe10> in <module>() 
----> 1 graph = sknw.build_sknw(ske) 

/usr/local/lib/python2.7/site-packages/sknw/sknw.pyc in 
build_sknw(ske) 
112 def build_sknw(ske): 
113  mark(ske) 
--> 114  nodes, edges = parse_struc(ske.copy()) 
115  return build_graph(nodes, edges) 
116 

IndexError: index 218852 is out of bounds for axis 0 with size 216000 

またはIセグメンテーションフォールトを取得:11エラーとipythonが閉じています。

アイデア?

答えて

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スタックの始めと終わりに値[0] [0] [0]のボクセル(.tiff 3Dイメージ)を追加することで問題を解決しました。

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