grobsの配置

Question

メインプロットの線形モデルのデータと、サブプロットとしてのarrangeGrobを使用したエフェクト（森林プロット）のプロットをプロットします。

set.seed(1) 
main.df <- data.frame(sample=c(paste("E.plus.A.plus",1:3,sep="_"),paste("E.minus.A.plus",1:3,sep="_"),paste("E.plus.A.minus",1:3,sep="_"),paste("E.minus.A.minus",1:3,sep="_")), 
         replicate=rep(1:3,4),cpm=c(rnorm(12)), 
         factor.level=factor(c(rep("E.plus.A.plus",3),rep("E.minus.A.plus",3),rep("E.plus.A.minus",3),rep("E.minus.A.minus",3)), 
            levels=c("E.plus.A.plus","E.minus.A.plus","E.plus.A.minus","E.minus.A.minus"))) 

effects.df <- data.frame(factor.level=c("E.plus.A.plus-E.minus.A.plus","E.plus.A.plus-E.plus.A.minus","E.plus.A.plus-E.minus.A.minus", 
             "E.minus.A.plus-E.plus.A.minus","E.minus.A.plus-E.minus.A.minus","E.plus.A.minus-E.minus.A.minus"), 
         effect=rnorm(6),effect.df=runif(6,0,0.5),p.value=runif(6,0,1),y=1:6+0.2) 
effects.df$effect.high <- effects.df$effect+effects.df$effect.df 
effects.df$effect.low <- effects.df$effect-effects.df$effect.df 
effects.df$factor.level <- factor(effects.df$factor.level,levels=effects.df$factor.level) 

ggplots：

require(ggplot2) 
require(grid) 
require(gridExtra) 
main.plot <- ggplot(main.df,aes(x=replicate,y=cpm,color=factor.level))+geom_point(size=3)+ 
    facet_wrap(~factor.level,ncol=length(levels(main.df$factor.level)))+ 
    labs(x="replicate",y="cpm")+scale_x_continuous(breaks=unique(main.df$replicate))+theme_bw()+ 
    theme(legend.key=element_blank(),panel.border=element_blank(),strip.background=element_blank(),axis.title=element_text(size=8),plot.title=element_text(size=9,hjust=0.5)) 

です：

sub.plot <- ggplot(effects.df,aes(x=effect,y=factor.level,color=factor.level))+geom_point(size=2.5,shape=19)+geom_errorbarh(aes(xmax=effect.high,xmin=effect.low),height=0.1)+ 
    geom_vline(xintercept=0,linetype="longdash",colour="black",size=0.25)+theme_bw()+theme(legend.key=element_blank(),panel.border=element_blank(),strip.background=element_blank(),axis.title=element_text(size=7),axis.text=element_text(size=7),legend.text=element_text(size=7),legend.title=element_text(size=7))+ 
    geom_text(aes(x=effects.df$effect,y=effects.df$y,label=format(signif(effects.df$p.value,2),scientific=T)),size=2.5) 

そして、次のとおりです。ここで

はデータで

そして、ここで私は、単一のプロットにそれらを結合しようとする方法は次のとおりです。

if(!is.null(dev.list())) dev.off() 
blank <- grid.rect(gp = gpar(col = "white")) 
sub.plot.grob <- arrangeGrob(blank,sub.plot,ncol=1) 
combined.plot <- arrangeGrob(main.plot,sub.plot,ncol=2,widths=c(1,1)) 
grid.arrange(combined.plot) 

与える：

をsub.plotが小さくなるように、どのように私は例えば、（すべての層を位置や大きさを調整しますか、テキストは比例して縮小されます）、main.plotの凡例の下に配置されていますか？

Answer 1

この種の作業には、cowplotというパッケージを強くお勧めします。ここでは、3つのネストされたセットを作成しています（左のメインプロット、次に右上の2つの伝説、右下のサブプロット）。凡例を信じられないほど簡単に引っ張ってくれる素晴らしいget_legend機能に注目してください。

plot_grid(
    main.plot + theme(legend.position = "none") 
    , plot_grid(
    plot_grid(
     get_legend(main.plot) 
     , get_legend(sub.plot) 
     , nrow = 1 
    ) 
    , sub.plot + theme(legend.position = "none") 
    , nrow = 2 
) 
    , nrow = 1 
) 

が与える：

明らか

を私はカラーパレットの1つ（または両方）を変更することをお勧めしたいが、それはあなたが望むものを与える必要があります。

実際にsub.plotで凡例を使用する場合は、他の凡例ではなくget_legendをスキップできます。

偶数サイズ以外のものを使用する場合は、rel_widthsとrel_heightsを使用してセットの幅/高さを調整することもできます。

さらに、cowplotは、ロード時に独自のデフォルトテーマを設定します。私は通常それをロードした直後にtheme_set(theme_minimal())を実行して、好きなものに戻します。

Answer 2

ここgrid.arrangeソリューション、これらのこまごまとして

grid.arrange(grobs = replicate(4, ggplot(), simplify = FALSE), 
      layout_matrix = cbind(c(1,1), c(3,2), c(4, 2)), 
      widths = c(2,1,1)) 

、

get_legend <- function(p) { 
    g <- ggplotGrob(p) 
    id <- grep("guide", g$layout$name) 
    g$grobs[[id]] 
} 

leg1 <- get_legend(main.plot); leg2 <- get_legend(sub.plot) 
gl <- list(main.plot + theme(legend.position = "none"), 
      sub.plot + theme(legend.position = "none"), leg1, leg2) 

grid.arrange(grobs = gl, 
      layout_matrix = cbind(c(1,1), c(3,2), c(4, 2)), 
      widths = c(2,1,1))