Rの面取りバープロットにp値を注釈するにはどうすればよいですか？

Question

グラフの上部と2つのバープロットの間にp値を注釈することができるかどうかを知りたいと思います。私の場合、ggplot2を使用して、2つの条件（PassageとIsolated）を持つファセットグラフがあり、各条件に3つのレベル/ 3つの棒グラフ（GA、CH、KO）があります。可能であれば、グラフ自体に表示したいペアワイズ比較（GA vs CH、CH vs KO、GA vs KO）のp値があります。

マイggplotスクリプトは以下の通りです：

#plot 
dev.new() 
accentrating_comb <- ggplot(ch_ko_am_comb, aes(x=speaker_type, y=Mean, fill=speaker_type)) + 
    geom_bar(position=position_dodge(width=1), stat="identity", colour="black", size=.5) + 
    geom_errorbar(aes(ymin=cllo, ymax=clup), colour="black", size=.3, width=.2, position=position_dodge(width=1)) + 
    geom_text(aes(label=lable), colour="black", vjust=-0.5, size=10, hjust=-2) + 
    coord_cartesian(ylim=c(0,10)) + 
    ylab("Mean Accent Rating") + 
    scale_fill_brewer(type = "div", palette = "Greys") + 
    guides(fill=guide_legend("Accent")) + 
    theme_bw() + 
    theme(plot.title = element_text(size = 22), axis.title.x = element_blank(), axis.title.y = element_text(size = 14), axis.line = element_line(colour = "black"), panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(), strip.text.x = element_text(size = 14), axis.text.x = element_text(size=14), legend.title=element_text(size=14), legend.text=element_text(size=14), panel.margin.x=unit(20,"pt")) + 
    facet_wrap(~ condition) #this creates multiple panels 
print(accentrating_comb) 
#dev.off() 

Answer 1

あなたの（2つのファセット、それぞれに3つの変数）と同様のプロットを生成するために、私はirisとToothGrowthデータセットを使用してダミーのデータセットを作成しました。

この解決策では、ggsignifパッケージを使用してプロットファセットにp値を注釈し、必要に応じて接頭辞p=を追加する方法を示します。

library(ggplot2) 
library(ggsignif) 

data("ToothGrowth") 
data('iris') 

iris2<-iris[c(1:10,50:60,100:110,61:70,11:20,111:118),] 

big_data<-cbind(iris2,ToothGrowth) #dummy data 


plot<-ggplot(big_data, aes(Species, len)) + 
    geom_boxplot() + 
    geom_signif(comparisons =list(c("setosa", "virginica"),c('setosa','versicolor'),c('virginica','versicolor')), 
       step_increase = 0.1)+ 
    facet_wrap(~supp) #create initial plot 

pg<-ggplot_build(plot) #disassemble plot and obtain information 

pv<-pg$data[[2]]$annotation #seek out p values 

new<-as.factor(paste('p=',pv)) #add the desired prefix 

pg$data[[2]]$annotation<-new #swap out the original annotation 

q<-ggplot_gtable(pg) #reassemble the plot 

plot(q) #generate new plot