Rmarkdownはbashとは異なるPythonを呼び出します

Question

Rmarkdown内からPythonスクリプトを呼び出そうとしています。スクリプトはBiopythonに依存しているが、bashシェルからRmarkdown

```{r, engine = "bash"} 
python --version 
``` 

のPython 2.7.10

からrmarkdown

から呼び出された場合、このライブラリが見つからない

python --version 

2.7.12

がどのように呼ばれているバージョンを制御することができますPythonの？

（私は思い出すこの混乱につながっている可能性があるの自作と異なるPythonのバージョンをインストールした...）

Answer 1

あなたの塊でengine.path変数を設定する必要があります。あなたが実行することができ、あなたの端末で正しいのpythonを実行している場合は、あなたがアナコンダを使用している場合、それは次のようになります...

```{python, engine.path="~/anaconda3/bin/python"} 
your code here... 
``` 

...

import sys 
print(sys.executable) 

これはあなたを指している必要がありますRMarkdown/knitrのengine.pathへの引数として渡すべきpython実行ファイルの場所。