RMarkdownの `render`動作は、RStudio Serverから呼び出されるのか、PHPシェルから呼び出されるのかによって異なります。

Question

私はëのような「特殊文字」を含むRMarkdown文書を持っています。 RStudio Serverの "knit document"ボタンを使用してドキュメントをレンダリングすると、レンダリングがうまくいきます。 RStudio Serverボタンを使ってレンダリングすると、RMarkdownのrender関数を呼び出す別のRスクリプトをソースにしても、それはうまく描画されます。その同じRスクリプトが呼び出されたときに

しかし、（長いため、できればないけど）私を超えますいくつかの理由から、私が使用してindex.phpによって異なる結果を得る：私はこれを行うと、得られる

$results = shell_exec("R --file='/home/username/public_html/some/subdirectories/process.R' --no-save 2>&1"); 

.htmlファイルでは、特別なシンボル（私はユニコードシンボルと思われる）は<U+00EB>に置き換えられます。私はこれがまだ知らないHTML要素のバリエーションであるかどうかを調べようとしましたが、これについて何も見つけることができませんでした。

（注：私がこれについてもっと学ぶことができる場所へのリンク（そして、私たちがそれをしている間、私のブラウザはそれが表示しているように、 ！example.phpの感謝）

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再現可能例

内容：

<?php 
    shell_exec("R --file='/home/username/public_html/subdirectory/example.R' --no-save 2>&1"); 
?> 

のの

内容（これは私が私のサーバー上で必要なものである）：example.Rmdの

workingPath <- "/home/username/public_html/subdirectory"; 

### Set path to RStudio's pandoc version 
Sys.setenv(PATH=paste(Sys.getenv("PATH"), 
         "/usr/lib/rstudio-server/bin/pandoc", 
         sep=":")); 

### Set HOME and LANG 
Sys.setenv(HOME = '/home/username'); 
Sys.setenv(LANG = 'en_US.UTF-8'); 

require(rmarkdown); 

renderResults <- 
    render(file.path(workingPath, 'example.Rmd'), 
     output_file = file.path(workingPath, 'example.html'), 
     intermediates_dir = file.path(workingPath, 'tmp'), 
     encoding="UTF-8"); 

内容：この例の

--- 
title: 'Reproducable example' 
output: html_document 
--- 

```{r} 
    cat("This is an ë symbol."); 
``` 

---

結果：

R Studioからこれを実行すると、次のようになります。

cat（ "これは記号です"）;

# #これは記号です。

私はPHPからこれを実行すると、私が手：

猫（ "これはë記号です。"）;

# #これは< U + 00EB >シンボルです。

（興味深いことに、echo 'edëが正常に表示される）

---

私は今index.phpファイルにstr_replaceを行うに頼っが、それは理想的ではありません。

renderマニュアルを確認しましたが、この動作については何も見つかりません。

また、.RmdファイルのYAMLヘッダーでpandocのオプションを指定してみましたが、近いと思われるのは--ascii optionなので、何もしません。 R Studio RMarkdown pageにはヒントもありません。

おそらく、RStudioで設定されている環境変数と関係がありますか？私はすでに設定しなければならなかった：Rスクリプトで

Sys.setenv(HOME = '/home/oupsyusr'); 
Sys.setenv(LANG = 'en_US.UTF-8'); 

をPandocは、PHPのシェルから呼び出されたRスクリプトで呼ばれる最初の場所で起こって取得します。これが問題であれば、RStudioがどんな値に設定するか、より正確にどの設定を重要なものに設定するのか、どうすればわかりますか？私は走った：

Sys.getenv() 

これはかなりのリストを示しています。エントリーのどれもエンコーディングとは関係ないと認識しています。

または、これを引き起こしますか？ .mdファイルを保存して検査すると、Unicode要素のものが既に表示されます。しかし、knitr help page with chunk optionsは、一般にユニコードやエンコーディングについては何も言いません。

これはどこに文書化されていますか、誰かがこの状況に遭遇したことはありますか？

私はCentOS 6.8でRStudio 0.99.903とR 3.3.1を実行しています。

Answer 1

通常、UTF-8以外のロケール内でRを実行しようとすると、この形式の問題（ここではユニコード文字がユニコードコードポイント表現に変換されます）（この場合は<U+00EB>）が原因です。

通常、これはSys.getlocale("LC_ALL")の出力を確認することで確認できます。ご希望の言語に基づいて、特定のUTF-8ロケールの風味を代入

Sys.setlocale("LC_ALL", "en_US.UTF-8") 

：あなたはCロケールが報告された表示された場合、あなたはおそらくのようなものでUTF-8ロケールを強制する必要があります。 （参考のために、利用可能なロケールのセットは、通常、locale -aのようなものを持つ端末から照会することができます）。