Biopython私は興味などの位置のリストを持っている位置

Question

のリストで、ベースコールを抽出する：

10 
20 
1000 
4000000 

私はbiopythonを使用してFASTAファイルからこれらの位置でベースコールを抽出したいです。

これは私がしようとしたものです：

query_dic ={} 
with open(line) as pos_file: 
    for x in pos_file: 
     for seq_record in SeqIO.parse(query_file, "fasta"): 
      nuc = seq_record[x] 
      query_dic[x]=nuc 

エラーメッセージは「無効なインデックス」と言う - 何が間違っていますか？

Answer 1

ほとんどの場合、シーケンスのいくつかはその文字数が多くなるほど長くはないため、大きなインデックスは無効です。

if len(seq_record) > x: 
    nuc = seq_record[x] 
else: 
    nuc = None 
query_dic[x] = nuc 

：あなたはこのような何かに、最終的なループを修正検討するかもしれない