Pandas DataframeをHDF5データセットに書き込む方法

Question

私は、各グループ内に複数のグループとデータセットを持つ、入れ子になったhdf5ファイルにPandasデータフレームからデータを書き込もうとしています。私はそれを日常的に将来的に成長する単一のファイルとして保持したいと思います。私は、入れ子構造が作成された

import h5py 
import numpy as np 
import pandas as pd 

file = h5py.File('database.h5','w') 

d = {'one' : pd.Series([1., 2., 3.], index=['a', 'b', 'c']), 
    'two' : pd.Series([1., 2., 3., 4.], index=['a', 'b', 'c', 'd'])} 

df = pd.DataFrame(d) 

groups = ['A','B','C']   

for m in groups: 

    group = file.create_group(m) 
    dataset = ['1','2','3'] 

    for n in dataset: 

     data = df 
     ds = group.create_dataset(m + n, data.shape) 
     print ("Dataset dataspace is", ds.shape) 
     print ("Dataset Numpy datatype is", ds.dtype) 
     print ("Dataset name is", ds.name) 
     print ("Dataset is a member of the group", ds.parent) 
     print ("Dataset was created in the file", ds.file) 

     print ("Writing data...") 
     ds[...] = data   

     print ("Reading data back...") 
     data_read = ds[...] 

     print ("Printing data...") 
     print (data_read) 

file.close(

）

この方法を達成したいものの構造を示し、次のコードで行くを持っていたが、それは、インデックスと列を失います。私は、私は、誰もがいくつかの光を当てることができますしてください。このエラー

AttributeError: 'Dataset' object has no attribute 'split'

を取得し、

df.to_hdf('database.h5', ds, table=True, mode='a') 

を試みたが、うまくいきませんでした。多くのおかげで

Answer 1

df.to_hdf()はkeyパラメータ（第2パラメータ）として文字列を期待：

key : string

identifier for the group in the store

ので、これを試してみてください。

df.to_hdf('database.h5', ds.name, table=True, mode='a') 

ds.nameはあなたの文字列（キー名）を返す必要があり

：

In [26]: ds.name 
Out[26]: '/A1' 

Answer 2

pandas \ pytablesとh5pyの代わりにHDFStoreクラスを使用します。だから私は、それが動作する以下の

import numpy as np 
import pandas as pd 

db = pd.HDFStore('Database.h5') 

index = pd.date_range('1/1/2000', periods=8) 

df = pd.DataFrame(np.random.randn(8, 3), index=index, columns=['Col1', 'Col2', 'Col3']) 

groups = ['A','B','C']  

i = 1  

for m in groups: 

    subgroups = ['d','e','f'] 

    for n in subgroups: 

     db.put(m + '/' + n, df, format = 'table', data_columns = True) 

をしようとしたA/DからC/Fに作成された9グループ（代わりに代わりh5py FO pyatbles内のデータセットのグループ？）。列とインデックスは保持され、必要なデータフレーム操作を実行できます。それでも、これは

db['A/d'].Col1[4:]