DTWCLUSTライブラリのCentroidをRで計算する

Question

私はrでDTWCLUSTパッケージを使用しています。ここに私のコードです。

library(dtwclust) 
sc1 <- read.table("D:/handling data/confirm4.csv", header=T, sep=",") 
hc_sbd <- dtwclust(sc1, type = 'h', k=5L, method = 'ward.D', preproc = zscore, 
       distance = 'dtw', control = list(trace=TRUE)) 
clusters <- cutree(hc_sbd,6) 
head(clusters) 
result <- cbind.data.frame(sc1,clusters) 
plot(hc_sbd, type='centroids', clus=1) + ylim(-3, 3) + scale_x_continuous(breaks = c(1,6,12,18,24,30,36,42), labels= real_label) 

plot(hc_sbd, type='centroids', clus=1) + ylim(-3, 3) + scale_x_continuous(breaks = c(1,6,12,18,24,30,36,42), labels= real_label)を実行したときにプロトタイプがプロットされました。 しかし、重心がPAMによってどのように計算されるのか分かりませんが、これはデフォルトオプションです。誰も私がcentroidsをobtaionにPAMの概念を理解するのを助けることができますか？ ありがとうございます。

Answer 1

パッケージの実装では、データからの kシリーズが最初の重心としてランダムに選択されます。 次に、すべての系列と重心との間の距離は （または事前計算された場合は距離行列全体から検索されます）、 となり、各系列は最も近い重心のクラスタに割り当てられます。 作成された各クラスタについて、 （必要に応じて）すべてのメンバシリーズ間の距離が計算され、 となり、距離の最小合計を持つシリーズが新しい重心として選択されます。 これは、一連のクラスタが変更されなくなるまで、繰り返し実行されます（ または許可された反復の最大回数を超えました）。

Here's the code。

（あなたがdtwclustバージョン4.0.0以上を使用している場合は、tsclust機能を使用する必要があります）