Rと軸ブレーク（）を使用してかなり複雑なグラフをプロットする

Question

こんにちはRユーザーとプログラマー、 私は4563アミノ酸のタンパク質からなるデータセットを持っています。 3つの異なる処理および2つの異なる酸化剤を使用して、このタンパク質のアミノ酸を酸化した。私はこれらの酸化の位置を処理に基づいてグラフにプロットしたいと思います。異なるラインサイズは様々な酸化剤濃度を表し、ラインタイプ（破線および固体）は異なるタイプの酸化剤を表す。 1000アミノ酸ごとに軸を壊したいと思います。 私はexcelとgimpで同様のテンプレートを作成しました（むしろ時間がかかり、おそらくは不適切です）。テンプレートの0.33は線の高さです。 http://dl.dropbox.com/u/58221687/Chakraborty_Figure1.png。 データセットは次のとおりです。 http://dl.dropbox.com/u/58221687/AA-Position-template.xls

ありがとうございます。 Sourav

Answer 1

私は基本グラフィックスでこれを行いますが、他の人が格子またはggplot2で同じかより良いことをすることができると確信しています。私はあなたのデータを使って簡単にそのようなプロットを作成するために必要な主なことは、再フォーマットであり、プロッティングに従うためにはどのようなフォーマットが必要かを再考することだと思います。私はあなたのデータを使って、1）長い形式であった場合、2）色、線種、幅などの基本的な変数が余分な列として使用可能であった場合、このようなデータがあれば、それを減らして線分を描く必要のあるアミノ酸だけを含めることができます。私はあなたのようなデータセットをシミュレートしました。 まずデータセット：あなたはあなたのケースに合わせて、このコードを変更することができるはず

set.seed(1) 
    # make data.frame just with info for the lines you'll actually draw 
    # your data was mostly zeros, no need for those lines 
    position <- sort(sample(1:4563,45,replace = FALSE)) 
    # but the x position needs to be shaved down! 
    # modulars are the real x positions on the plot: 
    xpos <- position%%600 
    # line direction appeared in your example but not in your text 
    posorneg <- sample(c(-1,1),45,replace = TRUE,prob=c(.05,.95)) 
    # oxidant concentration for line width- just rescale the oxidant concentration 
    # values you have to fall between say .5 and 3, or whatever is nice and visible 
    oxconc <- (.5+runif(45))^2 
    # oxidant type determines line type- you mention 2 
    # just assign these types to lines types (integers in R) 
    oxitype <- sample(c(1,2),45,replace = TRUE) 
    # let's say there's another dimension you want to map color to 
    # in your example png, but not in your description. 
    color <- sample(c("green","black","blue"),45,replace=TRUE) 

    # and finally, which level does each segment need to belong to? 
    # you have 8 line levels in your example png. This works, might take 
    # some staring though: 
    level <- 0 
    for (i in 0:7){ 
    level[position %in% ((i*600):(i*600+599))] <- 8-i 
    } 

    # now stick into data.drame: 
    AminoData <-data.frame(position = position, xpos = xpos, posorneg = posorneg, 
     oxconc = oxconc, oxitype = oxitype, level = level, color = color) 

OK、あなたはこの単純な何かにあなたのデータを減らすことができます想像してみてください。作図の主なツールは（ベースで）セグメントになります（）。これは、ベクトル化するので、ループや装飾性のための必要はありませんされています

# now we draw the base plot: 
    par(mar=c(3,3,3,3)) 
    plot(NULL, type = "n", axes = FALSE, xlab = "", ylab = "", 
     ylim = c(0,9), xlim = c(-10,609)) 
    # horizontal segments: 
    segments(0,1:8,599,1:8,gray(.5)) 
    # some ticks: (also not pretty) 
    segments(rep(c((0:5)*100,599),8), rep(1:8,each=7)-.05, rep(c((0:5)*100,599),8), 
     rep(1:8,each=7)+.05, col=gray(.5)) 
    # label endpoints: 
    text(rep(10,8)+.2,1:8-.2,(7:0)*600,pos=2,cex=.8) 
    text(rep(589,8)+.2,1:8-.2,(7:0)*600+599,pos=4,cex=.8) 
    # now the amino line segments, remember segments() is vectorized 
    segments(AminoData$xpos, AminoData$level, AminoData$xpos, 
     AminoData$level + .5 * AminoData$posorneg, lty = AminoData$oxitype, 
     lwd = AminoData$oxconc, col = as.character(AminoData$color)) 
    title("mostly you just need to reshape and prepare\nyour data to do this easily in base") 

これは、いくつかの好みのためあまりにも職人であるかもしれないが、それは私が特別なプロットについては行く方法です。