同じx軸の値に対して異なる値をプロットしてR

Question

をプロットしようとしています。各パラメータの値は重複していますので、各x値（パラメータ）の値を並べておきたいと思います。

データ

ci_glm<- dput(head(ci_glm)) 
structure(list(parameter = c(-0.989960390831752, 0.23802371512626, 
-0.0616305811832892, -1.19145279737722, -0.39565631764158, -2.70713419498971 
), lower = c(-1.76343111098339, -0.0384145902617419, -0.338256948651047, 
-2.41452042708909, -1.56076899496423, -3.8540190563328), upper = c(0.037528250100757, 
0.514419550437131, 0.214814325315589, -0.0336965457336884, 0.639688082685478, 
-1.70838885452134), par = c("Intercept", "Vessel 2", "Vessel 3", 
"10", "11", "13")), .Names = c("parameter", "lower", "upper", 
"par"), row.names = c("(Intercept)", "as.factor(CruiseID)201502", 
"as.factor(CruiseID)201503", "as.factor(Stratum)10", "as.factor(Stratum)11", 
"as.factor(Stratum)13"), class = "data.frame") 

ci_boot<-dput(head(ci_boot2)) 
structure(list(parameter = c(-1.23409264614473, NA, NA, -0.434928403121171, 
-2.74151010196932, -0.361626461606862), lower = c(-1.99928925205138, 
NA, NA, -2.16613527555384, -1.38979210854727, -3.9529283095427 
), upper = c(-0.118870916073164, NA, NA, 0.0238247660480798, 
0.860847808652077, -1.44129237641604), par = c("Intercept", "Vessel 2", 
"Vessel 3", "10", "11", "13"), diff = c(1.88041833597822, NA, 
NA, 2.18996004160192, 2.25063991719935, 2.51163593312666), diff1 = c(0.76519660590665, 
NA, NA, 1.73120687243267, -1.35171799342205, 3.59130184793584 
), diff2 = c(1.11522173007157, NA, NA, 0.458753169169251, 3.6023579106214, 
-1.07966591480918)), .Names = c("parameter", "lower", "upper", 
"par", "diff", "diff1", "diff2"), row.names = c("(Intercept)", 
"1", "11", "as.factor(Stratum)10", "as.factor(Stratum)11", "as.factor(Stratum)13" 
), class = "data.frame") 

プロット

require(plotrix) 

plot(ci_glm$parameter, type='n', ylab="Parameter Estimate",xlab="Parameter",pch=20, axes=F,ylim=c(-4,4)) 
axis(1, at=1:6, labels=unique(ci_glm$par),las=3,cex.axis=0.8) 
axis(2) 
abline(h=0,lty=2,col="light gray") 

plotCI(ci_glm$parameter,y=NULL,uiw = abs(ci_glm$upper-ci_glm$parameter),liw=abs(ci_glm$parameter-ci_glm$lower), 
    ui=NULL,li=NULL,err="y", sfrac=0.01,gap=0,slty=par("lty"), 
    add=T,scol="black",pch=18,pt.bg=par("bg",col="black")) 

par(new=T) 

plot(ci_boot$parameter, type='n',ylab="Parameter Estimate",xlab="Parameter",pch=20, axes=F,ylim=c(-4,4),col="red") 
axis(2) 
abline(h=0,lty=2,col="light gray") 

plotCI(ci_boot$parameter,y=NULL,uiw = abs(ci_boot$upper-ci_boot$parameter),liw=abs(ci_boot$parameter-ci_boot$lower), 
    ui=NULL,li=NULL,err="y", sfrac=0.01,gap=0,slty=par("lty"), 
    add=T,scol="red",pch=18,pt.bg=par("bg",col="red")) 

leg.text<-c("GLM","GLMM") 
legend("bottomright",leg.text,lty=c(1,1),pch=c(20,20),text.col="black",col=c("black","red"),bty="y",cex=.8) 

R version 3.3.1 (2016-06-21) 
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit) 
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1 

Answer 1

あなたがggplot2の使用に切り替えるために喜んでいる場合は、ここで見られるように、これは、position_dodge()で簡単に行うことができます。また、dplyrを使用して、2つのモデル出力を1つのplottable data.frameに結合します。

toPlot <- 
    bind_rows(boot = ci_boot %>% mutate(Parameter = row.names(.)) 
      , glm = ci_glm %>% mutate(Parameter = row.names(.)) 
      , .id = "Model") 


ggplot(
    toPlot 
    , aes(x = Parameter 
     , y = parameter 
     , ymin = lower 
     , ymax = upper 
     , col = Model)) + 
    geom_linerange(position = position_dodge(0.2)) + 
    geom_point(position = position_dodge(0.2)) + 
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 45 
            , hjust = 1)) 

ブートストラップモデルのいくつかのパラメータについては、推定値は信頼区間の範囲外にあることに注意してください。おそらく、ラベルなどを整理したい（そして、1と11の値を削除するか、または値を指定する）が、これはオーバーラップの問題に対処します。