1列の2つのグループ間の相関

Question

私は450.000列と660行を持つデータセットを持っています。最初の330行はグループ "A"で、最後の330グループ "B"です。私はこれまでのところ、私が管理し、グループAとグループB

間の列ごとの相関関係を計算したいと思います：私の最初の列には2つのグループ間の相関関係を返し

setkey(df, group) 
cor(df["A"]$value, df["B"]$value) 

を。

しかし、これは、新しいデータフレームで450.000列のすべての列に適用され、列名と2つのグループ間の相関関係があります。

group A（行1）の最初の行がgroup B（行331）の最初の行に関連していることを考慮する必要があります。グループAの2番目はグループBの2番目行332）、等々。

ここで誰もRでこれを達成する方法を知っていますか？

ありがとうございます。

Answer 1

すべての列をループして試してください。

df<-data.frame(a1=rnorm(660),a2=rnorm(660)) 
cordf<-numeric() 
for(i in 1:ncol(df)){cordf[i]<-cor(df[1:330,i],df[331:660,i])} 
names(cordf)<-names(df) 

codefには最初の330行と最後の330行の間の相関が含まれ、データフレームの元の変数名の名前が付けられます。

Answer 2

# sample data 
df = data.frame(a=runif(660,1,10),b=runif(660,1,10),c=runif(660,1,10)) 

data.frame(corr=sapply(df,function(x) {cor(x[1:330],x[331:nrow(df)])})) 

出力：ここ

  corr 
a -0.05902668 
b 0.03443904 
c -0.09899892 

Answer 3

はpurrrソリューションです。 map_dfはデータフレームを返します。

サンプル・データ：すべての列で

df<-data.frame(a1=rnorm(660,50,20),a2=rnorm(660,50,20)) 

そして、グループ間の相関関係（AとB）：

library(purrr) 
map_df(df, ~{cor(.[1:330],.[331:660])}) 

戻り

# A tibble: 1 × 2 
#   a1   a2 
#  <dbl>  <dbl> 
#1 -0.09949217 -0.008308669