クエリに対するツリー構造と回答は、値ではなくインデックスの観点から与えられているので、ラベルを同じ順序で別の配列に保つことができます。
デモ:私の前にずっと正しかった
a = np.random.rand(100, 3)
t = cKDTree(a)
t.tree.indices
# array([13, 12, 18, 19, 20, 47, 54, 55, 83, 88, 82, 40, 31, 10, 45, 22, 15,
# 95, 76, 46, 94, 62, 5, 84, 74, 63, 80, 81, 59, 9, 34, 29, 71, 61,
# 73, 4, 85, 0, 16, 39, 35, 26, 53, 69, 77, 6, 36, 97, 57, 78, 90,
# 32, 38, 68, 65, 96, 3, 24, 66, 11, 86, 89, 91, 30, 67, 42, 28, 33,
# 7, 44, 8, 17, 60, 56, 41, 43, 92, 51, 58, 2, 93, 21, 14, 64, 70,
# 87, 72, 50, 25, 49, 98, 37, 99, 52, 1, 48, 75, 79, 23, 27])
t.query_pairs(0.1)
# {(20, 55), (48, 98), (6, 35), (38, 89), (98, 99), (26, 39), (45, 84), (26, 53), (37, 48), (48, 99), (15, 46), (36, 97), (14, 87), (42, 56), (37, 99), (5, 94), (71, 73), (0, 85), (70, 72), (22, 74), (37, 98)}
ソリューション。ありがとう! – arshadic