ggplot2遠隔地の値の色付きヒートマップ

Question

ggplot2でヒートマップを作成したいとします。私のおもちゃのデータとコードは次のとおりです。

set.seed(12345) 
dat <- 
    data.frame(
     Row = rep(x = LETTERS[1:5], times = 10) 
    , Col = rep(x = LETTERS[1:10], each = 5) 
    , Y = rnorm(n = 50, mean = 0, sd = 1) 
    ) 
library(ggplot2) 
p <- ggplot(data = dat, aes(x = Row, y = Col)) + 
     geom_tile(aes(fill = Y), colour = "white") + 
     scale_fill_gradient(low = "white", high = "steelblue") 
p 

私はこのような範囲であった値のためのカラースキームを持つようにしたい：

-3 <= Y < -2 ---> Dark Blue 
-2 <= Y < -1 ---> Blue 
-1 <= Y < 0 ---> Light Blue 
0 <= Y < 1 ---> Light Green 
1 <= Y < 2 ---> Green 
2 <= Y <= 3 ---> Dark Green 

すべてのヘルプは高く評価されます。ありがとう

Answer 1

このようなものにはいくつかのオプションがありますが、ここでは開始点として1つあります。

まず、適切な範囲でYから因子を作成するcutを使用：

dat$Y1 <- cut(dat$Y,breaks = c(-Inf,-3:3,Inf),right = FALSE) 

そしてRColorBrewerからパレットを使用してプロット：

ggplot(data = dat, aes(x = Row, y = Col)) + 
     geom_tile(aes(fill = Y1), colour = "white") + 
     scale_fill_brewer(palette = "PRGn") 

この色をスキームはローエンドの青よりも紫ですが、それはcです私は醸造所のパレットの中で見つけることができます。

自分で構築したい場合は、scale_fill_manualを使用して、values引数に必要な色のベクトルを指定するだけです。

Answer 2

離散的な色が必要な場合や、指定した色がYの範囲にあるマーカーだけであるかどうかは不明です。私は両方を表示します。

離散色については

、joranは

dat$Y1 <- cut(dat$Y,breaks = c(-Inf,-3:3,Inf),right = FALSE) 

それを定義するようそして、あなたは私が

p <- ggplot(data = dat, aes(x = Row, y = Col)) + 
     geom_tile(aes(fill = Y1)) + 
     scale_fill_manual(breaks=c("\[-Inf,-3)", "\[-3,-2)", "\[-2,-1)", 
           "\[-1,0)", "\[0,1)", "\[1,2)", 
           "\[2,3)", "\[3, Inf)"), 
         values = c("white", "darkblue", "blue", 
            "lightblue", "lightgreen", "green", 
            "darkgreen", "white")) 
p 

マニュアルスケールを使用して一覧表示し、特定の色でプロットを得ることができますY1を使用あなたが-3と3を超える色について何を望んでいるのか分からなかったので、私は白を使いました。

連続した色が必要な場合は、青色から青色まで0から白に、緑色からプラスで、scale_fill_gradient2になります。

ggplot(data = dat, aes(x = Row, y = Col)) + 
    geom_tile(aes(fill = Y)) + 
    scale_fill_gradient2(low="darkblue", high="darkgreen", guide="colorbar") 

あなたは、マッピングは "DARKBLUE" は0で、1で2時、3時、 "白"、 "水色" "青" であるように、色の細部制御をしたい場合など、その後scale_fill_gradientnあなたのために動作します：

library("scales") 
ggplot(data = dat, aes(x = Row, y = Col)) + 
    geom_tile(aes(fill = Y)) + 
    scale_fill_gradientn(colours=c("darkblue", "blue", "lightblue", 
           "white", 
           "lightgreen", "green", "darkgreen"), 
         values=rescale(c(-3, -2, -1, 
             0, 
             1, 2, 3)), 
         guide="colorbar")