opencpuのユーザーアカウントでRパッケージにアクセスできない

Question

opencpuからユーザーのアカウントでインストールされたRパッケージにアクセスしようとしています。私はそのユーザとしてRを起動したとき、私はパッケージがインストールされていることがわかります。

> installed.packages() 
      Package  LibPath           
RLIM  "RLIM"  "/limdata/ali/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0" 
... 
> system('whoami'); 
ali 

をしかし、私はopencpuからライブラリにアクセスしようとしたとき、私はパッケージを示すエラーが見つかりませんでした取得：

$ curl -L http://<my.server>/ocpu/user/ali/library/RLIM 
there is no package called 'RLIM' 

In call: 
find.package(pkgname, lib.loc = lib.loc) 
# from same server, to confirm opencpu is running... 
$ curl -L http://<my.server>/ocpu/library 
base 
bitops 
boot 
brew 
... 

ご協力いただければ幸いです！

プラットフォーム情報：

• ホスト：Ubuntuの12.04
• opencpuサーバ1.0.4-precise0
• opencpu-LIB：1.0.4-precise0
• Rバージョン3.0.2（2013 -09-25） - "Frisbee Sailing"

Answer 1

あなたの家の図書館は、デフォルトの場所/home/ali/にはないようです。したがって、パッケージにアクセスするには、いくつかの追加ステップが必要です。

まず、デフォルトのセキュリティプロファイルではOpenCPUは/limdata/にアクセスできません。これが本当に問題であることを確認するには、/var/log/kern.logを見て、APPARMORとDENIEDを含む行を検索してください。 セキュリティプロファイルのカスタマイズのセクションをPDF server manualにお読みください。

は、セキュリティプロファイルにご自宅のライブラリを追加/etc/apparmor.d/opencpu.d/customを編集し、これらの行を追加するには：

/limdata/ r, 
/limdata/** mrix, 

その後、再起動AppArmorのとopencpuを：セキュリティ制限の世話をする必要があります

sudo service apparmor restart 
sudo service opencpu restart 

。それが実現することを願っています。正直言って私はホームディレクトリが/homeの外にあるシナリオをテストしていませんが、あなたのR_LIBS_USER環境変数が正しく設定されていればうまくいくと思います。私に知らせたくない場合:-)