私はseqinrでwrite.fastaを使用する場合、それは出力ファイルは次のようになります。つまりRパッケージseqinrを使ってfastaファイルを書いていますか？
>Sequence name 1
>Sequence name 2
>Sequence name 3
...etc
Sequence 1 Sequence 2 Sequence 3 ...etc
、シーケンス名は、ファイルの先頭にすべてあり、その後、シーケンスが一緒に出力されますファイルの終わりに。私がやりたいのは何
はこれです：
>Sequence name 1
Sequence 1
>Sequence name 2
Sequence 2
>Sequence name 3
Sequence 3
...etc
はwrite.fastaで可能なことですか？
実際、私はいつもそれを正しい方法で手に入れています。あなたと似たような問題が起きたことはありませんでした。これを試して。このテキストの下
コピー： "test.fasta" としてそれを保存
>seq1
agctgtagtc
>seq2
agtctctctt
>seq3
atgtataaaa
。そして、Rで
my.dna<-read.fasta("test.fasta")
write.fasta(sequences=my.dna,names=names(my.dna),file.out="write.my.dna.fasta")
次あなたが「write.my.dna.fasta」を開くならば、あなたは、次を取得します：
>seq1
agctgtagtc
>seq2
agtctctctt
>seq3
atgtataaaa
私は同様の問題を抱えていました。私がしたことは、シーケンスを含むベクトルをリストに変換して正常に動作することでした。
例えば、write.fasta(as.list(seq),names,file)
あなたは[再現性の例]（http://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example）を投稿してくださいもらえますか？たとえば、 'write.fasta'を呼び出すために使用するコードを投稿し、' dput'を使用して渡す内容を表示します。 –